283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_4006 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 984 aa  2009    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  36.83 
 
 		 1013 aa  606  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 1048 aa  456  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 1017 aa  434  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 1034 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1865  TonB-dependent receptor  36.97 
 
 		 573 aa  345  2e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  27.71 
 
 		 1109 aa  263  8e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 918 aa  245  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 943 aa  244  7e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 958 aa  234  5e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 958 aa  228  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 914 aa  215  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 939 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 939 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  26.23 
 
 		 941 aa  213  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.45 
 
 		 968 aa  210  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.79 
 
 		 940 aa  207  9e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 967 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 887 aa  196  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 994 aa  194  8e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 887 aa  194  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 1008 aa  192  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  24.78 
 
 		 906 aa  176  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 1010 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  24.04 
 
 		 919 aa  169  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  25.79 
 
 		 836 aa  168  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 987 aa  159  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 1011 aa  152  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  35.88 
 
 		 1006 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  36.45 
 
 		 923 aa  148  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 		 1097 aa  146  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 892 aa  145  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  42.18 
 
 		 1013 aa  144  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 894 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  42.66 
 
 		 927 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 921 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  38.67 
 
 		 954 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  35.06 
 
 		 967 aa  143  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 951 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 951 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 951 aa  141  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  30.13 
 
 		 978 aa  141  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 961 aa  141  7e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 915 aa  140  8.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  30.52 
 
 		 908 aa  140  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  36.75 
 
 		 920 aa  140  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  45.71 
 
 		 986 aa  140  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 		 1158 aa  139  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 912 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  29.71 
 
 		 942 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 922 aa  138  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  35.19 
 
 		 936 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  35.19 
 
 		 936 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  40.44 
 
 		 845 aa  137  8e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  32.28 
 
 		 945 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  44.75 
 
 		 990 aa  136  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  31.21 
 
 		 918 aa  136  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 944 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 994 aa  135  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 974 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 859 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 1035 aa  133  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 964 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  40.38 
 
 		 998 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  40.38 
 
 		 998 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  33.65 
 
 		 878 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  40.38 
 
 		 998 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.65 
 
 		 878 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  33.65 
 
 		 878 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  29.13 
 
 		 878 aa  131  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 940 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 882 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 984 aa  130  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  36.32 
 
 		 875 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 924 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 		 881 aa  129  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 885 aa  129  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  44.9 
 
 		 950 aa  128  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  37.87 
 
 		 1017 aa  128  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 900 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1036 aa  127  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  32.32 
 
 		 960 aa  127  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 869 aa  127  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  33.9 
 
 		 921 aa  126  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 906 aa  126  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 870 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 998 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  39.9 
 
 		 959 aa  125  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 880 aa  125  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 961 aa  124  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 1240 aa  124  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 978 aa  124  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 		 881 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 988 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 927 aa  122  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  35.89 
 
 		 990 aa  122  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 964 aa  122  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 988 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  31.03 
 
 		 945 aa  122  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 906 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>