299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2694 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  50.65 
 
 		 920 aa  870    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  48.07 
 
 		 923 aa  854    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  56.15 
 
 		 924 aa  1038    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 945 aa  1932    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  40.99 
 
 		 967 aa  631  1e-179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  37.54 
 
 		 990 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  38.94 
 
 		 994 aa  571  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 		 1097 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  36.52 
 
 		 1109 aa  536  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 		 958 aa  531  1e-149  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  37.82 
 
 		 986 aa  531  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  36.86 
 
 		 943 aa  526  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 982 aa  522  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 982 aa  522  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  37.49 
 
 		 1006 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  38.13 
 
 		 914 aa  515  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  35.77 
 
 		 998 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  35.91 
 
 		 984 aa  499  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  35.59 
 
 		 1017 aa  500  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  35.73 
 
 		 998 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  35.87 
 
 		 998 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  35.67 
 
 		 998 aa  499  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  34.91 
 
 		 1008 aa  498  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  34.04 
 
 		 998 aa  491  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  37.19 
 
 		 961 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  35.1 
 
 		 990 aa  478  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  35.56 
 
 		 944 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 919 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  32.94 
 
 		 1048 aa  426  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 1035 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 1074 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 961 aa  317  5e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  44.67 
 
 		 978 aa  301  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 934 aa  282  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  41.96 
 
 		 1013 aa  277  6e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 881 aa  270  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  40.29 
 
 		 987 aa  268  4e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 874 aa  259  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 874 aa  255  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 872 aa  248  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 888 aa  245  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 915 aa  241  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 874 aa  235  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 918 aa  234  8.000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  28.02 
 
 		 906 aa  229  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  37.24 
 
 		 984 aa  226  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 		 1011 aa  224  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 957 aa  223  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 933 aa  215  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 974 aa  214  7e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 945 aa  212  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 936 aa  210  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 936 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 875 aa  208  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 967 aa  204  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  24.9 
 
 		 908 aa  194  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 902 aa  182  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 993 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 934 aa  179  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 971 aa  179  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 908 aa  177  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 908 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  26.33 
 
 		 908 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  30.91 
 
 		 948 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  26.25 
 
 		 908 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 976 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 894 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 988 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 951 aa  166  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 951 aa  166  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 951 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 994 aa  164  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  32.4 
 
 		 859 aa  163  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  36.04 
 
 		 875 aa  163  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  34.06 
 
 		 927 aa  162  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  22.78 
 
 		 970 aa  161  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 988 aa  161  6e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 870 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 892 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 		 900 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  34.31 
 
 		 869 aa  153  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  35.79 
 
 		 878 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  37 
 
 		 882 aa  151  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 941 aa  151  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 887 aa  151  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 887 aa  150  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 1047 aa  150  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  35.45 
 
 		 878 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  35.45 
 
 		 878 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  35.45 
 
 		 878 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 942 aa  149  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  32.3 
 
 		 968 aa  148  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 964 aa  147  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 924 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 964 aa  146  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 880 aa  146  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 922 aa  144  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 931 aa  143  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 853 aa  141  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 836 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>