288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3035 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 892 aa  1825    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  38.38 
 
 		 859 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 927 aa  493  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  35.46 
 
 		 875 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  35.22 
 
 		 888 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  35.63 
 
 		 874 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  35.67 
 
 		 872 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  34.85 
 
 		 870 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  34.53 
 
 		 874 aa  443  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  34.74 
 
 		 869 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  35.13 
 
 		 874 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  33.69 
 
 		 880 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 892 aa  426  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  33.8 
 
 		 887 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 887 aa  422  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  35.46 
 
 		 845 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 882 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 		 900 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 881 aa  399  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  32.68 
 
 		 878 aa  389  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  32.79 
 
 		 878 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 875 aa  388  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  32.79 
 
 		 878 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  32.79 
 
 		 878 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 		 868 aa  384  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 868 aa  385  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 902 aa  372  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 889 aa  365  2e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 926 aa  345  2e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 894 aa  334  6e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 915 aa  328  3e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 1036 aa  320  7.999999999999999e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 		 964 aa  317  7e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 964 aa  313  1e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 1047 aa  311  4e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 961 aa  280  6e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 943 aa  275  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 958 aa  271  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 918 aa  270  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 885 aa  265  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 904 aa  259  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 948 aa  257  7e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 919 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 957 aa  253  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 888 aa  251  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 925 aa  244  5e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.24 
 
 		 968 aa  243  9e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 908 aa  242  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 967 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 931 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 984 aa  234  5e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.06 
 
 		 986 aa  233  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  26.81 
 
 		 906 aa  230  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 601 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  26.39 
 
 		 908 aa  222  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 929 aa  221  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 906 aa  221  6e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  26.29 
 
 		 908 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 933 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 908 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 908 aa  214  7.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  26.11 
 
 		 947 aa  213  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 979 aa  213  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 993 aa  209  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  56.35 
 
 		 271 aa  209  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 1035 aa  207  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 921 aa  207  7e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.27 
 
 		 908 aa  205  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  25.29 
 
 		 942 aa  204  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 976 aa  202  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 945 aa  201  7e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  24.87 
 
 		 940 aa  200  9e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 1017 aa  199  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 945 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  37.81 
 
 		 1109 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.92 
 
 		 959 aa  184  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 944 aa  183  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.92 
 
 		 958 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 939 aa  182  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 939 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 943 aa  179  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  23.85 
 
 		 960 aa  179  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.34 
 
 		 941 aa  178  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  35.94 
 
 		 914 aa  178  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 918 aa  178  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 940 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 986 aa  175  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  25.28 
 
 		 970 aa  175  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 967 aa  174  9e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 922 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  33.06 
 
 		 1097 aa  171  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 938 aa  169  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 921 aa  168  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  24.94 
 
 		 836 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 912 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  35.42 
 
 		 1210 aa  166  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 1010 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 936 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 936 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 917 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>