More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3278 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  65.03 
 
 		 961 aa  1279    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  39 
 
 		 994 aa  639    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  41.94 
 
 		 1048 aa  741    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  41.32 
 
 		 1035 aa  734    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1006 aa  2036    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  40.37 
 
 		 978 aa  632  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  38.04 
 
 		 998 aa  609  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  39.73 
 
 		 967 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  38.94 
 
 		 1017 aa  599  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  37.03 
 
 		 998 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  37.03 
 
 		 998 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  36.94 
 
 		 998 aa  598  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  39.08 
 
 		 986 aa  596  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  37.38 
 
 		 990 aa  583  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 984 aa  583  1.0000000000000001e-165  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  37.15 
 
 		 944 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  36.92 
 
 		 1013 aa  551  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 990 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  34.05 
 
 		 987 aa  521  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37.49 
 
 		 945 aa  521  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  36.01 
 
 		 924 aa  511  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 920 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 982 aa  499  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 982 aa  499  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  34.65 
 
 		 923 aa  482  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  34.26 
 
 		 1109 aa  466  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  33.58 
 
 		 998 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 1008 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 958 aa  462  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  33.36 
 
 		 1011 aa  459  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  34.16 
 
 		 914 aa  444  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 1097 aa  432  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 943 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 919 aa  378  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 1074 aa  343  7e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 984 aa  324  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 961 aa  282  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 948 aa  260  8e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  28.34 
 
 		 906 aa  244  6e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 951 aa  243  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 951 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 934 aa  226  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 915 aa  219  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 964 aa  215  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 927 aa  212  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 881 aa  207  8e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 1036 aa  202  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 933 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 845 aa  191  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 908 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 902 aa  184  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  23.18 
 
 		 947 aa  182  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 888 aa  179  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 1009 aa  177  9e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25.51 
 
 		 927 aa  177  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  34.54 
 
 		 957 aa  174  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  36.9 
 
 		 918 aa  172  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 908 aa  171  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 945 aa  171  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 906 aa  167  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  28.46 
 
 		 908 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 908 aa  163  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 978 aa  162  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 859 aa  160  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 943 aa  160  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 		 931 aa  159  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  28.21 
 
 		 908 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  22.92 
 
 		 959 aa  157  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 1047 aa  155  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  36.48 
 
 		 951 aa  155  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  37.71 
 
 		 900 aa  154  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 934 aa  154  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 894 aa  153  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  34.89 
 
 		 878 aa  152  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  34.89 
 
 		 878 aa  152  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  34.89 
 
 		 878 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  34.89 
 
 		 878 aa  151  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 875 aa  151  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  35.59 
 
 		 984 aa  151  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  38.03 
 
 		 882 aa  151  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 		 964 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  38.24 
 
 		 887 aa  148  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  37.92 
 
 		 881 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 887 aa  147  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  32.42 
 
 		 892 aa  147  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  25.59 
 
 		 908 aa  147  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  34.71 
 
 		 929 aa  145  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 870 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 		 1017 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  23.63 
 
 		 960 aa  142  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  34.13 
 
 		 892 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  38.63 
 
 		 874 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 1007 aa  139  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 875 aa  139  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  40.48 
 
 		 271 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  37.77 
 
 		 874 aa  137  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  37.02 
 
 		 874 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  38.2 
 
 		 869 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 853 aa  136  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 986 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>