More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3242 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  67.37 
 
 		 842 aa  1118    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  47.37 
 
 		 943 aa  741    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  48.53 
 
 		 917 aa  759    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 838 aa  1711    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  71.59 
 
 		 836 aa  1189    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  48 
 
 		 972 aa  753    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  47.31 
 
 		 944 aa  742    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  47.19 
 
 		 942 aa  739    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  47.68 
 
 		 941 aa  745    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  40.19 
 
 		 945 aa  583  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  39.29 
 
 		 901 aa  566  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  38.09 
 
 		 936 aa  499  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  34.29 
 
 		 853 aa  416  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  31.59 
 
 		 935 aa  363  1e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  32.59 
 
 		 946 aa  344  4e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 938 aa  332  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 746 aa  324  4e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  31.01 
 
 		 919 aa  322  9.999999999999999e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 972 aa  322  3e-86  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 962 aa  296  8e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 		 961 aa  256  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 943 aa  232  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.87 
 
 		 992 aa  229  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 880 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 888 aa  206  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 931 aa  205  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 859 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 915 aa  200  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 929 aa  193  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 921 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 912 aa  190  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 918 aa  187  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 885 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 908 aa  184  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 		 878 aa  178  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  26 
 
 		 947 aa  172  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 875 aa  171  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  24.33 
 
 		 919 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 1001 aa  169  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 		 869 aa  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 948 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03327  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 862 aa  164  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 880 aa  164  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 951 aa  160  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 870 aa  160  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 900 aa  160  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 951 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 951 aa  158  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 881 aa  157  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 1004 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 944 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 874 aa  153  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 943 aa  153  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 904 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 957 aa  153  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 917 aa  152  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 945 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 887 aa  149  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 887 aa  148  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 872 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 921 aa  144  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 990 aa  141  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 958 aa  142  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  31.25 
 
 		 1109 aa  141  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 945 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 874 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 874 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1492  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 977 aa  137  8e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.442431 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 888 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 838 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 987 aa  134  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 939 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 939 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 1097 aa  132  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 940 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 986 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  29.74 
 
 		 941 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 889 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  23.27 
 
 		 906 aa  129  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 919 aa  129  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 976 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  29.16 
 
 		 940 aa  127  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 1035 aa  125  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  25.94 
 
 		 960 aa  125  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  22.77 
 
 		 932 aa  124  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 894 aa  124  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 943 aa  123  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 1074 aa  121  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 927 aa  120  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 875 aa  119  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 868 aa  117  6.9999999999999995e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 868 aa  116  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 958 aa  116  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.23 
 
 		 942 aa  115  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 994 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 923 aa  115  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.94 
 
 		 986 aa  114  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 914 aa  114  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 918 aa  112  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  28.94 
 
 		 918 aa  112  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>