More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0330 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0302  TonB-dependent receptor  49.69 
 
 		 795 aa  732    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0330  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 777 aa  1579    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  35.39 
 
 		 775 aa  361  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3713  TonB-dependent receptor  31.8 
 
 		 854 aa  332  2e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000001326  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 817 aa  274  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0886  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 806 aa  266  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0016588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 765 aa  258  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3252  TonB-dependent receptor plug  29.8 
 
 		 798 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.970825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1941  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 676 aa  252  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.891675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 803 aa  249  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 780 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 704 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 755 aa  231  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  28.54 
 
 		 755 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 720 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 730 aa  228  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 775 aa  228  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  29.77 
 
 		 776 aa  228  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 790 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 761 aa  224  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 743 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 787 aa  220  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 784 aa  217  8e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  29.89 
 
 		 739 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 771 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 761 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 822 aa  215  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 729 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 807 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 862 aa  213  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 744 aa  211  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 769 aa  210  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 794 aa  207  7e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 726 aa  207  9e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 853 aa  206  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 757 aa  205  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 723 aa  203  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 777 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 785 aa  202  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 722 aa  200  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 763 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 		 710 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 753 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 759 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 792 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 780 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1474  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 817 aa  199  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.698611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 786 aa  196  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 730 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 747 aa  195  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 790 aa  194  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 784 aa  193  9e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 766 aa  193  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 780 aa  193  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 832 aa  193  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0523  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 803 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 733 aa  191  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 792 aa  191  5e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 764 aa  191  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 856 aa  191  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 743 aa  190  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 758 aa  189  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 732 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  24.84 
 
 		 754 aa  187  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 771 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 758 aa  187  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 741 aa  187  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 773 aa  186  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 770 aa  186  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 737 aa  185  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 722 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 758 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 734 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 749 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 790 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 796 aa  184  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 758 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  26.34 
 
 		 797 aa  182  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 762 aa  182  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 751 aa  181  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  26.75 
 
 		 759 aa  181  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 758 aa  180  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 779 aa  180  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 796 aa  179  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 750 aa  179  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 743 aa  179  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3725  TonB-dependent receptor, plug  27.57 
 
 		 763 aa  179  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 763 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 774 aa  179  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  25.39 
 
 		 799 aa  177  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5026  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 794 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 784 aa  177  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2383  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 926 aa  177  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  26.13 
 
 		 809 aa  176  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 753 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 755 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 758 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 808 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 730 aa  175  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 736 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>