More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0706 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  100 
 
 
792 aa  1604    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  62.25 
 
 
790 aa  986    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  67.13 
 
 
790 aa  1079    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  41.42 
 
 
755 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 
803 aa  497  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  38.67 
 
 
832 aa  458  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  36.69 
 
 
807 aa  438  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  37.21 
 
 
780 aa  427  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  36.28 
 
 
761 aa  414  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  35.47 
 
 
780 aa  411  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  35.53 
 
 
765 aa  409  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1868  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 
867 aa  402  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.215038  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 
761 aa  395  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3263  TonB-dependent receptor  32.62 
 
 
860 aa  376  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.327376  hitchhiker  0.00174671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1489  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 
859 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  33.46 
 
 
776 aa  371  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 
851 aa  371  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 
704 aa  331  3e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  34.28 
 
 
784 aa  310  9e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  34.71 
 
 
743 aa  307  5.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 
710 aa  302  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  31.97 
 
 
796 aa  301  4e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 
763 aa  300  1e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 
787 aa  299  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 
728 aa  296  9e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 
753 aa  294  5e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 
720 aa  290  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 
794 aa  288  4e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  32.16 
 
 
804 aa  286  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  30.64 
 
 
729 aa  283  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 
786 aa  283  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 
728 aa  282  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  30.52 
 
 
758 aa  282  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  34.9 
 
 
775 aa  281  3e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 
734 aa  280  5e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 
783 aa  278  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  30.42 
 
 
856 aa  277  5e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 
749 aa  273  7e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 
732 aa  273  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 
779 aa  271  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 
745 aa  270  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 
780 aa  269  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  31.51 
 
 
758 aa  270  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 
758 aa  268  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 
758 aa  266  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 
758 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 
730 aa  262  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  29.7 
 
 
739 aa  261  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 
736 aa  261  4e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 
785 aa  261  4e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  31.87 
 
 
771 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
750 aa  259  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 
774 aa  258  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  29.4 
 
 
741 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 
771 aa  253  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 
743 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 
759 aa  248  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 
733 aa  248  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 
764 aa  246  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 
731 aa  243  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  27.35 
 
 
751 aa  242  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  30 
 
 
770 aa  242  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 
723 aa  239  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 
758 aa  239  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 
747 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 
730 aa  239  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 
808 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 
730 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  30.2 
 
 
759 aa  238  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 
730 aa  238  5.0000000000000005e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 
726 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  28.64 
 
 
792 aa  236  9e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
773 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  30.44 
 
 
726 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 
817 aa  231  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  26.91 
 
 
755 aa  231  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 
751 aa  231  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
771 aa  230  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 
755 aa  230  8e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 
766 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
753 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 
737 aa  227  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  29.39 
 
 
695 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 
769 aa  226  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 
773 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
763 aa  226  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 
761 aa  225  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
717 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 
777 aa  224  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 
724 aa  224  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
767 aa  223  9e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
720 aa  223  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 
771 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  27.4 
 
 
754 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 
779 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
784 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 
771 aa  221  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  29.52 
 
 
733 aa  220  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  27.35 
 
 
748 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 
794 aa  219  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>