More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3725 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3725  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
763 aa  1543    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3281  TonB-dependent receptor, plug  35.44 
 
 
797 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.475296 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3629  TonB-dependent receptor, plug  34.21 
 
 
807 aa  381  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.824698  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 
804 aa  345  2e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  32.07 
 
 
771 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 
779 aa  308  2.0000000000000002e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  30.7 
 
 
784 aa  294  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  31.3 
 
 
759 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 
730 aa  285  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 
794 aa  276  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
784 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3637  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 
858 aa  258  3e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
787 aa  252  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2950  TonB-dependent receptor, plug  29.67 
 
 
850 aa  241  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101832  normal  0.0641531 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 
761 aa  240  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
853 aa  238  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 
775 aa  231  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2110  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 
765 aa  231  6e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0914186  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 
710 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  29.96 
 
 
761 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 
749 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 
780 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 
780 aa  224  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 
783 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
803 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 
755 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 
792 aa  217  5.9999999999999996e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  26.6 
 
 
799 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
775 aa  214  7e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  28.14 
 
 
755 aa  213  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 
796 aa  210  8e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 
704 aa  206  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
736 aa  204  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 
817 aa  200  9e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 
790 aa  200  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 
730 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 
765 aa  199  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
790 aa  193  8e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  24.91 
 
 
776 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 
747 aa  190  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 
764 aa  187  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 
808 aa  187  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
734 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  27.98 
 
 
751 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 
743 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 
763 aa  184  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
856 aa  182  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 
753 aa  182  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
741 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  23.86 
 
 
809 aa  181  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 
771 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
757 aa  181  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
743 aa  180  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
773 aa  180  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
773 aa  179  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
730 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 
720 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 
763 aa  177  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0302  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 
795 aa  177  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122608  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 
722 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  25.74 
 
 
739 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 
729 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 
764 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
726 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  26.08 
 
 
754 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 
737 aa  174  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
786 aa  173  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0330  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 
777 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030228  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 
723 aa  171  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 
777 aa  171  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 
766 aa  170  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 
773 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1676  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 
759 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 
713 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
745 aa  167  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 
780 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 
746 aa  167  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
728 aa  167  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 
807 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 
755 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  26 
 
 
792 aa  166  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
748 aa  166  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
733 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0027  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
754 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.634145  normal  0.0299657 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 
771 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 
832 aa  166  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 
764 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 
751 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 
822 aa  163  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
744 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 
808 aa  161  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 
761 aa  162  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 
789 aa  160  8e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
758 aa  160  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  26.59 
 
 
741 aa  160  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 
759 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.39 
 
 
759 aa  159  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
758 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 
779 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 
725 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.105862 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>