More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3282 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  66.62 
 
 		 750 aa  1048    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  56.9 
 
 		 792 aa  874    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  60.93 
 
 		 774 aa  952    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 758 aa  1543    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  98.42 
 
 		 758 aa  1529    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  83.66 
 
 		 759 aa  1320    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  97.49 
 
 		 758 aa  1488    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  87.2 
 
 		 758 aa  1355    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  41.32 
 
 		 743 aa  498  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  39.49 
 
 		 745 aa  482  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  39.03 
 
 		 770 aa  469  1.0000000000000001e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  36.84 
 
 		 786 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  37.01 
 
 		 771 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  36.94 
 
 		 728 aa  418  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 761 aa  311  2.9999999999999997e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 		 761 aa  300  8e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 803 aa  295  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 775 aa  285  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 		 730 aa  279  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 764 aa  275  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 780 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 		 765 aa  275  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 790 aa  274  4.0000000000000004e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 792 aa  273  7e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 755 aa  272  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 790 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  29.56 
 
 		 776 aa  269  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 710 aa  267  5e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 704 aa  261  3e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 780 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 832 aa  255  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 747 aa  251  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 728 aa  251  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  30.65 
 
 		 741 aa  250  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 736 aa  248  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 749 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 773 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 785 aa  243  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 794 aa  242  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 722 aa  242  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 741 aa  241  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 783 aa  241  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  27.37 
 
 		 751 aa  241  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  30.52 
 
 		 753 aa  240  8e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 784 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 780 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 771 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 726 aa  233  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 737 aa  233  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 787 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 773 aa  231  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 729 aa  230  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 769 aa  230  8e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 762 aa  226  8e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 807 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 804 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 720 aa  224  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 817 aa  223  7e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 758 aa  221  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 771 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 730 aa  221  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  28.02 
 
 		 759 aa  221  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 784 aa  220  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 730 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 733 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 763 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 856 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 743 aa  216  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 733 aa  215  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 734 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 754 aa  215  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 722 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 794 aa  214  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 780 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 732 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.3 
 
 		 739 aa  210  7e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 726 aa  209  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 796 aa  208  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 746 aa  205  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 775 aa  204  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 862 aa  203  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 764 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 783 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 800 aa  198  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 800 aa  198  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  27.51 
 
 		 755 aa  197  6e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  25.1 
 
 		 754 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 777 aa  196  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 777 aa  195  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 741 aa  194  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  25.03 
 
 		 799 aa  194  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 723 aa  193  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  28.95 
 
 		 759 aa  191  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 779 aa  191  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  25.4 
 
 		 797 aa  190  7e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 786 aa  189  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 880 aa  188  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  27.83 
 
 		 695 aa  188  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 790 aa  188  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 755 aa  187  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>