More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1980 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  68.01 
 
 		 792 aa  1055    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  61.86 
 
 		 750 aa  953    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 774 aa  1573    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  62 
 
 		 758 aa  942    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  61.73 
 
 		 758 aa  937    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  62.61 
 
 		 759 aa  978    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  61.87 
 
 		 758 aa  937    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  63.65 
 
 		 758 aa  964    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  39.35 
 
 		 770 aa  490  1e-137  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  38.42 
 
 		 745 aa  485  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  39.01 
 
 		 743 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  38.02 
 
 		 786 aa  451  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  36.6 
 
 		 771 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  36.29 
 
 		 728 aa  414  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  30.2 
 
 		 776 aa  291  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 761 aa  282  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 790 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 803 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 765 aa  263  8e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 730 aa  262  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  30.72 
 
 		 761 aa  258  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 792 aa  258  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 783 aa  254  6e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 780 aa  252  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 790 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 755 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  28.33 
 
 		 751 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 780 aa  243  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 704 aa  242  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 832 aa  239  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 749 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 730 aa  234  4.0000000000000004e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 784 aa  232  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 775 aa  231  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  29.1 
 
 		 741 aa  229  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 785 aa  229  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 794 aa  228  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 710 aa  227  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 720 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 758 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 762 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 736 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 784 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 729 aa  219  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 783 aa  218  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 741 aa  217  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 764 aa  217  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 722 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 771 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 769 aa  214  3.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 787 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 817 aa  214  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 780 aa  213  9e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 733 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 754 aa  208  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 804 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 728 aa  207  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 796 aa  206  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 807 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 764 aa  206  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 880 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 732 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 747 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  26.28 
 
 		 799 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 856 aa  198  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 722 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  25.03 
 
 		 754 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 780 aa  195  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 794 aa  195  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 761 aa  196  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  26.23 
 
 		 755 aa  195  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  26.35 
 
 		 809 aa  195  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  26.9 
 
 		 755 aa  191  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 775 aa  191  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 777 aa  190  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  25.77 
 
 		 715 aa  188  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  26.08 
 
 		 748 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2110  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 765 aa  186  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0914186  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 773 aa  185  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 803 aa  184  6e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  27.53 
 
 		 797 aa  184  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  26.24 
 
 		 797 aa  183  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 726 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 779 aa  182  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 774 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 741 aa  181  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 763 aa  180  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  26.5 
 
 		 739 aa  180  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 790 aa  179  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 777 aa  179  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  25.44 
 
 		 759 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 730 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 790 aa  178  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 726 aa  178  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 773 aa  177  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 800 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 800 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 862 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 771 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 769 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>