More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2248 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  100 
 
 
777 aa  1582    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 
767 aa  360  7e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 
764 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 
822 aa  353  5e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 
773 aa  352  1e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1360  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
810 aa  341  4e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  30.1 
 
 
809 aa  338  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 
779 aa  337  3.9999999999999995e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 
795 aa  332  2e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 
758 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  31.7 
 
 
771 aa  317  8e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 
784 aa  314  4.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 
785 aa  311  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 
790 aa  296  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 
763 aa  270  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 
756 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 
755 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 
730 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 
857 aa  254  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3344  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 
791 aa  245  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
743 aa  244  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 
764 aa  237  6e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 
782 aa  236  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 
774 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 
773 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 
747 aa  228  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 
758 aa  227  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  28.26 
 
 
776 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 
783 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
803 aa  224  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  27.65 
 
 
809 aa  223  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  28.24 
 
 
733 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27 
 
 
704 aa  223  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 
723 aa  221  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 
761 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1977  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 
741 aa  220  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.72 
 
 
759 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 
732 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
748 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 
737 aa  218  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 
746 aa  216  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  27.7 
 
 
797 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 
777 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  25 
 
 
783 aa  213  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 
728 aa  211  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 
779 aa  211  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 
743 aa  210  9e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 
765 aa  209  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
730 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  26 
 
 
780 aa  205  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 
772 aa  205  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 
755 aa  204  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 
729 aa  204  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  27.04 
 
 
739 aa  204  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 
789 aa  202  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 
766 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
759 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 
794 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 
750 aa  196  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  27.38 
 
 
767 aa  196  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  25.89 
 
 
829 aa  194  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  25.64 
 
 
839 aa  194  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
734 aa  194  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 
725 aa  193  9e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 
790 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 
803 aa  193  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 
790 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 
764 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 
773 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 
771 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
710 aa  191  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 
778 aa  191  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0667  putative TonB-dependent receptor  24.94 
 
 
793 aa  190  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
753 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 
741 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 
773 aa  189  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 
780 aa  189  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 
751 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
767 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 
758 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 
744 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 
799 aa  187  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 
778 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 
758 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 
758 aa  185  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 
728 aa  185  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
792 aa  184  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  26.49 
 
 
741 aa  184  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 
780 aa  183  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 
758 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 
731 aa  182  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
792 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  24.97 
 
 
754 aa  181  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
720 aa  181  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
796 aa  181  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 
761 aa  180  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 
777 aa  180  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3816  TonB-dependent receptor, plug  25.45 
 
 
789 aa  179  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.540841  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 
762 aa  180  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 
758 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.252208 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>