More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4151 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  100 
 
 
764 aa  1548    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  38.4 
 
 
743 aa  489  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  37.05 
 
 
737 aa  464  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  34.73 
 
 
748 aa  423  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 
746 aa  392  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 
763 aa  309  1.0000000000000001e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 
704 aa  306  6e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 
747 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 
761 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 
771 aa  283  6.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  31.2 
 
 
755 aa  283  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 
785 aa  281  3e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  31.17 
 
 
759 aa  278  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
803 aa  277  7e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 
722 aa  266  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 
743 aa  263  8.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 
730 aa  261  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 
773 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 
766 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 
794 aa  258  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 
730 aa  258  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 
783 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 
784 aa  253  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 
755 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 
710 aa  250  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 
741 aa  250  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 
734 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
725 aa  247  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 
765 aa  246  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
773 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
720 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 
780 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 
723 aa  245  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 
756 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 
771 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 
730 aa  243  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 
758 aa  243  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  29.47 
 
 
733 aa  241  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 
773 aa  241  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 
790 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 
724 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 
726 aa  237  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 
780 aa  237  7e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 
777 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 
789 aa  234  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
730 aa  233  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 
717 aa  233  8.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 
743 aa  233  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 
809 aa  232  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
744 aa  232  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 
729 aa  231  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 
795 aa  231  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 
728 aa  231  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 
749 aa  231  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 
767 aa  230  6e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  27.28 
 
 
776 aa  231  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 
732 aa  230  9e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
771 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 
809 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
713 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 
796 aa  224  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 
733 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 
784 aa  224  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  27.64 
 
 
754 aa  224  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
779 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4696  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 
763 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.383832  normal  0.747647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 
722 aa  223  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 
792 aa  221  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
761 aa  221  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 
851 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  28.88 
 
 
695 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 
775 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 
702 aa  218  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 
730 aa  218  4e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 
700 aa  217  5.9999999999999996e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3562  TonB-dependent receptor, plug  28.05 
 
 
747 aa  216  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000379624  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
761 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 
782 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 
731 aa  215  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 
832 aa  215  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
780 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 
775 aa  215  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
838 aa  214  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  27 
 
 
864 aa  214  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 
758 aa  214  5.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  27.12 
 
 
748 aa  214  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
778 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
778 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 
753 aa  213  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 
822 aa  212  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5026  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 
794 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  28.92 
 
 
790 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 
738 aa  211  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 
773 aa  211  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  27.75 
 
 
739 aa  211  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0027  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
754 aa  210  7e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.634145  normal  0.0299657 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 
726 aa  210  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1573  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 
796 aa  209  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 
790 aa  209  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
774 aa  209  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>