More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3406 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 722 aa  1468    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  41.43 
 
 		 726 aa  502  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  38.03 
 
 		 730 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  40.4 
 
 		 726 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  37.89 
 
 		 722 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 		 771 aa  345  2e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 717 aa  313  7.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 		 704 aa  310  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 741 aa  307  4.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 730 aa  301  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 		 710 aa  294  4e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 749 aa  290  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  31.03 
 
 		 739 aa  287  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 		 763 aa  269  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 		 743 aa  266  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  30.77 
 
 		 759 aa  264  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 758 aa  264  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 730 aa  263  8e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  31.77 
 
 		 720 aa  262  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 726 aa  261  4e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 745 aa  259  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 736 aa  256  8e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 759 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 756 aa  253  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 786 aa  251  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 771 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 732 aa  248  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 737 aa  247  6e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 758 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 784 aa  245  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 750 aa  244  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3562  TonB-dependent receptor, plug  30.76 
 
 		 747 aa  242  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000379624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 758 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 758 aa  241  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 769 aa  239  2e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 780 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 733 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  27.97 
 
 		 755 aa  238  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 780 aa  237  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 725 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 770 aa  236  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 758 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  30.24 
 
 		 695 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 728 aa  235  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 780 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 803 aa  234  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 758 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 779 aa  233  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 788 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 729 aa  231  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 731 aa  230  7e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 785 aa  230  8e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 735 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 734 aa  227  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 771 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 782 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 764 aa  224  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 792 aa  224  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 790 aa  223  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 792 aa  223  9e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 825 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 809 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 753 aa  223  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 746 aa  222  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 758 aa  221  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 700 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 747 aa  221  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 789 aa  220  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 761 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 723 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 738 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 769 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 764 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 777 aa  218  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1676  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 759 aa  217  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0572  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 758 aa  216  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 774 aa  217  8e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 790 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 		 757 aa  216  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 778 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3091  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 779 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 728 aa  215  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 744 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  30.16 
 
 		 790 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 794 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 778 aa  214  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 761 aa  214  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 822 aa  214  7e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 730 aa  213  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 755 aa  210  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2469  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 843 aa  210  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 751 aa  209  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 804 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 783 aa  209  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4330  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 780 aa  207  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.971491 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 817 aa  207  7e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 855 aa  206  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 766 aa  205  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 765 aa  205  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 835 aa  204  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>