More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2264 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  100 
 
 
825 aa  1687    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  49.88 
 
 
809 aa  788    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  37.4 
 
 
780 aa  428  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  28.85 
 
 
754 aa  262  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 
790 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 
734 aa  244  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 
720 aa  243  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.55 
 
 
739 aa  240  6.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 
761 aa  239  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
777 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
733 aa  234  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 
792 aa  231  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 
803 aa  230  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 
729 aa  230  9e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 
704 aa  230  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  29.23 
 
 
785 aa  229  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3473  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 
786 aa  229  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3263  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
860 aa  228  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.327376  hitchhiker  0.00174671 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 
832 aa  227  7e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
780 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
710 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 
722 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 
790 aa  224  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3469  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
824 aa  222  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3562  TonB-dependent receptor, plug  28.64 
 
 
747 aa  222  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000379624  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  27.32 
 
 
748 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
758 aa  218  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 
755 aa  218  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 
728 aa  217  5.9999999999999996e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 
749 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 
794 aa  216  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 
720 aa  214  3.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 
786 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  28.5 
 
 
759 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
765 aa  214  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 
732 aa  214  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 
767 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 
761 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
864 aa  213  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
794 aa  213  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
766 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 
808 aa  211  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 
722 aa  211  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 
730 aa  211  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 
771 aa  211  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1868  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
867 aa  211  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.215038  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 
730 aa  209  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 
730 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 
784 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 
764 aa  208  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 
756 aa  207  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 
764 aa  207  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 
779 aa  206  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 
838 aa  206  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 
775 aa  204  7e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 
783 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
741 aa  202  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
761 aa  201  6e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
771 aa  201  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 
762 aa  200  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 
808 aa  200  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  25.9 
 
 
755 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 
817 aa  200  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 
780 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
763 aa  199  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
857 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 
730 aa  198  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 
726 aa  198  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
797 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 
856 aa  197  8.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  27.6 
 
 
741 aa  197  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 
753 aa  196  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3508  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 
840 aa  196  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
736 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 
771 aa  192  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 
745 aa  191  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
725 aa  189  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 
730 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 
775 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1673  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 
757 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 
773 aa  188  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 
743 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
778 aa  188  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
751 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
771 aa  187  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 
784 aa  187  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 
726 aa  187  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
726 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 
796 aa  186  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 
744 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 
758 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  27.66 
 
 
759 aa  185  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2469  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 
843 aa  185  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 
783 aa  184  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
773 aa  184  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 
731 aa  184  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0572  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 
758 aa  184  8.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 
747 aa  184  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
778 aa  183  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 
746 aa  183  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>