More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4282 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
739 aa  1492    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  36.48 
 
 
758 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  37.64 
 
 
730 aa  434  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  36.73 
 
 
710 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  34.4 
 
 
769 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  36.22 
 
 
758 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  35.15 
 
 
749 aa  369  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  34.66 
 
 
736 aa  355  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 
704 aa  354  4e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  36.02 
 
 
741 aa  346  8e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 
730 aa  333  7.000000000000001e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 
783 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 
803 aa  307  4.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 
775 aa  302  1e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 
766 aa  302  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 
780 aa  301  4e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 
722 aa  301  4e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 
730 aa  295  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 
722 aa  290  7e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 
734 aa  288  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  31.98 
 
 
720 aa  288  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 
784 aa  286  9e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  30 
 
 
780 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0572  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
758 aa  279  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  31.03 
 
 
743 aa  278  3e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 
771 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 
726 aa  270  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 
792 aa  270  5.9999999999999995e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 
747 aa  270  8e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 
765 aa  269  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
790 aa  268  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 
761 aa  267  5e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 
822 aa  266  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 
763 aa  265  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 
790 aa  265  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 
794 aa  263  8e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 
779 aa  262  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  30.05 
 
 
733 aa  260  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 
728 aa  259  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 
771 aa  258  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 
743 aa  258  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 
761 aa  258  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 
764 aa  258  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 
733 aa  257  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 
728 aa  257  7e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 
789 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 
773 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 
744 aa  254  5.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 
737 aa  253  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
729 aa  253  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 
817 aa  252  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 
731 aa  251  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 
730 aa  251  5e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  29.51 
 
 
759 aa  249  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4231  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 
776 aa  249  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 
758 aa  248  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  29 
 
 
787 aa  248  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 
755 aa  247  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 
732 aa  246  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
751 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 
726 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 
717 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  29 
 
 
775 aa  244  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 
753 aa  244  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0779  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 
757 aa  244  6e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.756258  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
808 aa  244  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 
773 aa  243  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3437  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 
812 aa  243  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  29.08 
 
 
755 aa  242  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 
771 aa  242  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 
794 aa  240  8e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
756 aa  240  8e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 
778 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4330  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 
780 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.971491 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0302  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 
795 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122608  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 
771 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 
773 aa  239  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 
903 aa  238  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 
785 aa  238  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 
786 aa  238  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 
778 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 
726 aa  237  6e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1573  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 
796 aa  237  8e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  28.86 
 
 
755 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 
745 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 
796 aa  236  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 
780 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 
825 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3091  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
779 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308245  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  30.1 
 
 
735 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
743 aa  235  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 
764 aa  235  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 
808 aa  234  4.0000000000000004e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 
733 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  31.91 
 
 
764 aa  234  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  31 
 
 
779 aa  233  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 
919 aa  232  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 
832 aa  233  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  29.36 
 
 
777 aa  231  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5026  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
794 aa  231  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>