More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3256 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 730 aa  1493    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  61.5 
 
 		 733 aa  913    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  61.74 
 
 		 743 aa  906    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  37.08 
 
 		 774 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  38.16 
 
 		 779 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  35.33 
 
 		 782 aa  386  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  35.9 
 
 		 773 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 789 aa  369  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 		 772 aa  357  3.9999999999999996e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3816  TonB-dependent receptor, plug  32.19 
 
 		 789 aa  353  5e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.540841  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  34.52 
 
 		 767 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  34.29 
 
 		 764 aa  345  2e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 704 aa  310  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 		 756 aa  310  8e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 730 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  32.34 
 
 		 761 aa  303  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  30.52 
 
 		 771 aa  300  7e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  31.81 
 
 		 739 aa  299  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 710 aa  291  3e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 		 755 aa  291  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 		 763 aa  290  9e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 758 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 		 790 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  30.42 
 
 		 755 aa  281  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  32.97 
 
 		 759 aa  280  9e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  31.59 
 
 		 741 aa  278  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  32.62 
 
 		 713 aa  278  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 732 aa  270  8e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 765 aa  269  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 722 aa  265  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 761 aa  265  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 737 aa  264  4.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 		 751 aa  262  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 729 aa  261  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 720 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 822 aa  259  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 764 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 777 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 790 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  30.64 
 
 		 722 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 749 aa  254  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 743 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 807 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 783 aa  250  8e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 803 aa  249  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 723 aa  248  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 		 771 aa  246  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 851 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 746 aa  246  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 728 aa  245  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 780 aa  244  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 766 aa  243  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 780 aa  243  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 792 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 769 aa  241  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 734 aa  241  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 700 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 		 747 aa  239  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 808 aa  236  8e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0572  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 758 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 		 724 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 764 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  27.09 
 
 		 797 aa  228  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 773 aa  227  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1360  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 810 aa  226  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 758 aa  226  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 796 aa  226  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 771 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 728 aa  223  8e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  26.68 
 
 		 809 aa  223  9e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  28.99 
 
 		 695 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 775 aa  222  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 777 aa  221  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 773 aa  220  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 809 aa  220  7e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 780 aa  220  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 794 aa  219  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 726 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 857 aa  219  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 767 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 784 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 717 aa  218  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 702 aa  217  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 786 aa  217  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 		 726 aa  217  7e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0027  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 754 aa  217  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.634145  normal  0.0299657 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 769 aa  217  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 753 aa  216  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 757 aa  215  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 817 aa  215  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 743 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 838 aa  215  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 731 aa  214  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 864 aa  213  7e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 736 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 856 aa  213  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 757 aa  211  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 748 aa  211  4e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 731 aa  211  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 785 aa  211  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>