More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3348 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 747 aa  1516    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  43.66 
 
 		 794 aa  580  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  40.84 
 
 		 773 aa  504  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  41.16 
 
 		 773 aa  505  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  40.9 
 
 		 771 aa  505  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 763 aa  313  7.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 704 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 761 aa  292  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 758 aa  291  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 731 aa  286  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 775 aa  281  3e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  30.58 
 
 		 759 aa  281  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 765 aa  281  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 764 aa  281  5e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 769 aa  278  3e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 		 723 aa  275  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 771 aa  273  6e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 725 aa  273  8.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 741 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  30.09 
 
 		 755 aa  270  7e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 730 aa  269  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  29.6 
 
 		 776 aa  269  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 758 aa  267  5e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  32.12 
 
 		 739 aa  265  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 783 aa  265  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 741 aa  263  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 790 aa  261  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 		 729 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 777 aa  259  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  30.08 
 
 		 715 aa  259  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  29.53 
 
 		 754 aa  257  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 757 aa  256  8e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 		 728 aa  256  8e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 750 aa  254  5.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 769 aa  253  6e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 722 aa  253  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 755 aa  252  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 762 aa  252  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 761 aa  251  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  29.82 
 
 		 695 aa  250  8e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 743 aa  250  8e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 726 aa  249  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 734 aa  248  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 736 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1679  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 742 aa  246  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0383405 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 720 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 710 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 800 aa  245  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 800 aa  245  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 758 aa  245  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 717 aa  244  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 764 aa  244  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 774 aa  243  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 758 aa  241  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 758 aa  241  5e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 778 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 784 aa  240  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 758 aa  240  5.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 792 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 730 aa  239  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 761 aa  239  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 759 aa  238  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 780 aa  238  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2764  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 776 aa  238  3e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.700663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 726 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 731 aa  236  8e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 753 aa  236  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 756 aa  237  8e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 746 aa  236  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 789 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 730 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 790 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4696  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 763 aa  234  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.383832  normal  0.747647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 803 aa  234  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 758 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 766 aa  233  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 803 aa  233  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 732 aa  233  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1573  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 796 aa  232  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 778 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 730 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 790 aa  230  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 790 aa  230  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 743 aa  229  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 761 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 		 700 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 		 713 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 777 aa  228  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 749 aa  227  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 809 aa  227  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  28.52 
 
 		 767 aa  227  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 758 aa  226  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 743 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 728 aa  224  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02728  TonB-dependent outer membrane receptor  29.36 
 
 		 738 aa  224  4e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 767 aa  224  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 782 aa  223  9e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 735 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 780 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 769 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>