More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3901 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 797 aa  1622    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 771 aa  224  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 730 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 747 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 779 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 777 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 766 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 758 aa  213  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 720 aa  212  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 790 aa  210  9e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 764 aa  210  9e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 785 aa  210  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 761 aa  207  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 737 aa  207  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 761 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  27.3 
 
 		 776 aa  205  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 809 aa  206  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 704 aa  204  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1360  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 810 aa  201  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 730 aa  201  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 794 aa  201  6e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 763 aa  199  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 758 aa  199  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 808 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 772 aa  197  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 783 aa  196  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 735 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 762 aa  195  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 774 aa  194  6e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  27.92 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 857 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 773 aa  190  8e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 773 aa  190  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 767 aa  190  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 782 aa  190  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 779 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3344  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 791 aa  188  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 789 aa  189  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 822 aa  187  5e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0865  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 829 aa  187  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0714067  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 748 aa  187  9e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 765 aa  186  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 755 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  26.28 
 
 		 741 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 803 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  26.32 
 
 		 733 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 744 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 726 aa  184  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 774 aa  184  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 785 aa  182  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 771 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 773 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 780 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 731 aa  181  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 807 aa  181  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 790 aa  180  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 783 aa  178  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 732 aa  179  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 743 aa  178  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 749 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 728 aa  178  4e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 738 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  25.77 
 
 		 751 aa  178  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 736 aa  177  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 771 aa  177  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 725 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 792 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 777 aa  173  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 759 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 755 aa  172  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 745 aa  171  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 790 aa  171  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 862 aa  170  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 780 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 775 aa  169  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 764 aa  168  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4696  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 763 aa  168  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.383832  normal  0.747647 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 769 aa  167  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 765 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 764 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 789 aa  167  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 756 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  25.96 
 
 		 755 aa  167  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 761 aa  166  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0886  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 806 aa  165  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0016588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 784 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 743 aa  164  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 743 aa  164  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  24.94 
 
 		 695 aa  164  8.000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 764 aa  164  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 734 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 757 aa  163  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 729 aa  163  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 746 aa  162  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  25.18 
 
 		 739 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 825 aa  162  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 864 aa  161  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 754 aa  161  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 817 aa  161  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 758 aa  160  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>