More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2998 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 797 aa  1623    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 738 aa  247  6.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 766 aa  233  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 744 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3562  TonB-dependent receptor, plug  26.73 
 
 		 747 aa  201  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000379624  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0454  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 807 aa  196  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000638696  n/a   
 
 
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 750 aa  191  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 730 aa  191  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 792 aa  188  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 704 aa  188  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 790 aa  187  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 755 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 780 aa  187  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  29.04 
 
 		 759 aa  185  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 758 aa  185  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 783 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 758 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 736 aa  184  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 774 aa  183  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 758 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 758 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 758 aa  179  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0330  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 777 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 777 aa  174  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 		 775 aa  174  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 765 aa  174  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 763 aa  173  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 731 aa  172  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 761 aa  171  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 733 aa  171  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 775 aa  170  8e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 759 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  27.23 
 
 		 739 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 761 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 764 aa  167  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 784 aa  167  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  24.79 
 
 		 776 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4696  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 763 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.383832  normal  0.747647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 723 aa  165  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  24.62 
 
 		 759 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0779  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 757 aa  163  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.756258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  26.22 
 
 		 751 aa  163  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2764  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 776 aa  163  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.700663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 790 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 792 aa  162  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 728 aa  162  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5026  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 794 aa  160  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 815 aa  159  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2110  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 765 aa  159  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0914186  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 785 aa  159  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 726 aa  158  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 832 aa  157  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 743 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 710 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3263  TonB-dependent receptor  39.32 
 
 		 860 aa  157  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.327376  hitchhiker  0.00174671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 728 aa  156  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 761 aa  155  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 860 aa  154  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 737 aa  154  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1676  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 759 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 771 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 782 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 749 aa  154  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3725  TonB-dependent receptor, plug  26.72 
 
 		 763 aa  154  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 722 aa  154  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  25.58 
 
 		 748 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0302  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 795 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 773 aa  152  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 851 aa  152  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 789 aa  152  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 754 aa  151  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 773 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 722 aa  151  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 784 aa  150  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 741 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  25.38 
 
 		 755 aa  150  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 764 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 746 aa  149  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  25.78 
 
 		 829 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 729 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0886  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 806 aa  148  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0016588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 896 aa  147  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 720 aa  147  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 717 aa  146  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 745 aa  146  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 774 aa  146  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  36.25 
 
 		 780 aa  146  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 769 aa  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 796 aa  146  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 734 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3941  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 792 aa  145  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3629  TonB-dependent receptor, plug  25.76 
 
 		 807 aa  144  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.824698  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 730 aa  144  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1573  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 796 aa  144  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 743 aa  144  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  41.08 
 
 		 803 aa  144  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 809 aa  144  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 720 aa  144  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 767 aa  144  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 789 aa  143  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>