More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1810 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  49.29 
 
 		 860 aa  805    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 862 aa  1748    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  62.06 
 
 		 880 aa  1075    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  32.39 
 
 		 906 aa  355  2e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 903 aa  331  5.0000000000000004e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 815 aa  330  1.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  32.13 
 
 		 839 aa  329  1.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 896 aa  325  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 838 aa  310  5.9999999999999995e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 864 aa  298  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 796 aa  283  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 		 862 aa  280  6e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 919 aa  278  3e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 808 aa  261  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 775 aa  241  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 780 aa  240  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 778 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 729 aa  238  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 761 aa  234  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 780 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 777 aa  229  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 763 aa  221  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 759 aa  221  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 783 aa  219  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 803 aa  220  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 835 aa  215  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 758 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 764 aa  212  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 814 aa  212  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 730 aa  206  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 758 aa  204  7e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 750 aa  203  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 747 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 803 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 761 aa  200  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 758 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 803 aa  200  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  26.98 
 
 		 776 aa  198  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 765 aa  198  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 758 aa  198  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 783 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 790 aa  198  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 780 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  26.96 
 
 		 809 aa  196  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 758 aa  194  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 797 aa  191  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 761 aa  191  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 784 aa  191  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 783 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 762 aa  189  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 817 aa  188  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 771 aa  187  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 746 aa  187  9e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 785 aa  186  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  25.69 
 
 		 715 aa  186  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 771 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 755 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3816  TonB-dependent receptor, plug  26.31 
 
 		 789 aa  185  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.540841  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 736 aa  184  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 851 aa  183  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 726 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 769 aa  183  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 749 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 832 aa  182  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 786 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 764 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2405  TonB-dependent receptor, plug  27.24 
 
 		 786 aa  181  5.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0816065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 743 aa  180  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 792 aa  179  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 		 755 aa  178  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 789 aa  178  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 741 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 774 aa  178  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 735 aa  177  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 873 aa  176  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 		 778 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  31.39 
 
 		 767 aa  176  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 704 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 770 aa  175  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 779 aa  175  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 832 aa  174  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1868  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 867 aa  174  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.215038  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  31.97 
 
 		 720 aa  174  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  24.85 
 
 		 797 aa  174  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0346  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 836 aa  174  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  24.02 
 
 		 739 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 800 aa  173  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 800 aa  173  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 774 aa  173  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 775 aa  172  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.88 
 
 		 759 aa  171  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  30.85 
 
 		 790 aa  171  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 772 aa  171  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  25.19 
 
 		 776 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 755 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 784 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  25.78 
 
 		 799 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 797 aa  168  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 732 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2383  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 926 aa  167  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>