More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3635 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
751 aa  1518    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  39.64 
 
 
754 aa  534  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 
803 aa  283  7.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 
761 aa  270  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 
761 aa  265  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
759 aa  264  4e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 
750 aa  261  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 
765 aa  256  9e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  29.25 
 
 
776 aa  249  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 
755 aa  244  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 
745 aa  244  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 
774 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 
758 aa  244  6e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 
792 aa  242  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 
758 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
780 aa  240  6.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 
780 aa  239  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
753 aa  239  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
758 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 
758 aa  234  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
720 aa  233  8.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 
804 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 
729 aa  229  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  28.7 
 
 
792 aa  228  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
790 aa  228  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  28.46 
 
 
741 aa  227  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
790 aa  223  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 
764 aa  223  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
807 aa  221  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 
775 aa  221  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 
728 aa  218  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 
728 aa  213  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 
732 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 
704 aa  211  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 
743 aa  210  7e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  26.38 
 
 
799 aa  209  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  29.61 
 
 
759 aa  209  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
771 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 
780 aa  208  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 
786 aa  207  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 
723 aa  206  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 
784 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
794 aa  201  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 
851 aa  200  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 
770 aa  200  7.999999999999999e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 
796 aa  199  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 
771 aa  198  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 
695 aa  194  7e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 
710 aa  193  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  26.32 
 
 
715 aa  192  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 
817 aa  192  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
762 aa  189  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 
730 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
783 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3725  TonB-dependent receptor, plug  27.98 
 
 
763 aa  186  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  26.35 
 
 
809 aa  183  9.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 
775 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 
766 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
783 aa  180  8e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 
751 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
726 aa  180  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2110  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
765 aa  178  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0914186  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 
734 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  25.77 
 
 
797 aa  178  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 
747 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 
749 aa  178  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 
773 aa  178  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 
771 aa  177  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  24.86 
 
 
754 aa  177  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 
779 aa  176  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
730 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
737 aa  173  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
730 aa  173  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 
761 aa  172  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 
758 aa  171  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 
773 aa  170  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
744 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  26.41 
 
 
767 aa  169  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 
736 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 
777 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0886  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 
806 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0016588  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 
782 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 
722 aa  167  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 
803 aa  166  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 
743 aa  165  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
724 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 
763 aa  164  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
784 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 
832 aa  164  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  26.22 
 
 
797 aa  163  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 
717 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  25.07 
 
 
829 aa  163  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.88 
 
 
739 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 
746 aa  162  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 
777 aa  162  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 
785 aa  161  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0454  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
807 aa  161  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000638696  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 
767 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 
741 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 
713 aa  161  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>