258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2575 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  52.82 
 
 		 892 aa  848    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  58.55 
 
 		 897 aa  945    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 897 aa  1813    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  33.8 
 
 		 888 aa  462  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  31.68 
 
 		 894 aa  303  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 916 aa  296  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 897 aa  270  7e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 856 aa  264  4.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  29.45 
 
 		 1003 aa  256  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 888 aa  253  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 957 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  27.64 
 
 		 929 aa  219  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 933 aa  211  6e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 1090 aa  199  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 957 aa  198  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 924 aa  195  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 927 aa  173  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 922 aa  167  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 1077 aa  164  9e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 920 aa  154  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 917 aa  135  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 941 aa  132  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 944 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 942 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 943 aa  127  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  31.36 
 
 		 962 aa  122  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  30.37 
 
 		 931 aa  117  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  22.62 
 
 		 919 aa  114  8.000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 1051 aa  112  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 842 aa  84  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 836 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 936 aa  82  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 917 aa  81.3  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 972 aa  79.3  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 880 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 946 aa  77.4  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 961 aa  74.7  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  31.11 
 
 		 932 aa  74.3  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 938 aa  74.3  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  28.9 
 
 		 838 aa  73.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 853 aa  70.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  32.86 
 
 		 972 aa  70.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 746 aa  65.1  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 945 aa  65.1  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 976 aa  64.7  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 		 914 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 888 aa  62.8  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 875 aa  62.4  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.58 
 
 		 959 aa  61.6  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  30.9 
 
 		 947 aa  61.2  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 901 aa  61.2  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 962 aa  61.2  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 915 aa  60.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  32.26 
 
 		 640 aa  60.8  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 994 aa  60.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 859 aa  60.8  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 934 aa  60.8  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 908 aa  59.7  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 925 aa  60.1  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 926 aa  59.3  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25 
 
 		 927 aa  58.5  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 649 aa  58.5  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1467  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 802 aa  58.2  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.148814  normal  0.0599921 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 1097 aa  58.2  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 892 aa  57.8  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  28.57 
 
 		 1109 aa  57.4  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  34.55 
 
 		 1236 aa  57.4  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 889 aa  56.6  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 601 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 958 aa  56.6  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 900 aa  56.6  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  32.03 
 
 		 620 aa  55.8  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 935 aa  55.8  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 621 aa  55.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 943 aa  55.5  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05651  TonB-dependent receptor plug domain protein  31.68 
 
 		 168 aa  55.5  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  36.27 
 
 		 1218 aa  55.5  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  32.03 
 
 		 697 aa  55.8  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 		 918 aa  55.8  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 885 aa  55.5  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 990 aa  55.5  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 945 aa  55.1  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 		 979 aa  55.1  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 906 aa  55.1  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  27.33 
 
 		 998 aa  55.1  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 918 aa  54.7  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  26.55 
 
 		 968 aa  54.7  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 649 aa  54.7  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 1074 aa  54.3  0.000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  29.61 
 
 		 732 aa  54.3  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  27.53 
 
 		 998 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  27.53 
 
 		 998 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  27.43 
 
 		 998 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 943 aa  53.5  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 934 aa  53.5  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 987 aa  53.5  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>