259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1467 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1467  TonB-dependent receptor  100 
 
 
802 aa  1644    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.148814  normal  0.0599921 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5196  TonB-dependent receptor  38.81 
 
 
829 aa  530  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283017  normal  0.121855 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2872  TonB-dependent receptor  38.56 
 
 
934 aa  507  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.15635  normal  0.94613 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5164  TonB-dependent receptor  38.51 
 
 
813 aa  502  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1582  TonB-dependent receptor plug  37.77 
 
 
853 aa  486  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00843923  normal  0.229135 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0823  TonB-dependent receptor  36.38 
 
 
817 aa  488  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173477  normal  0.677151 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1282  TonB-dependent receptor  38.92 
 
 
852 aa  483  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0691192  normal  0.241515 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3278  TonB-dependent receptor  36.48 
 
 
973 aa  483  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0332  TonB-dependent receptor  35.59 
 
 
869 aa  451  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879303  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3536  TonB-dependent receptor plug  36.14 
 
 
812 aa  433  1e-120  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839102  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5304  TonB-dependent receptor  33.89 
 
 
812 aa  405  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.144104 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6739  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 
832 aa  395  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.616271  normal  0.465298 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3193  TonB-dependent receptor plug  29.85 
 
 
766 aa  317  5e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.646105 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5130  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
810 aa  315  2.9999999999999996e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4856  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 
819 aa  309  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.163752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3654  TonB-dependent receptor plug  29.02 
 
 
810 aa  303  8.000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09223  TonB-dependent receptor, putative  30 
 
 
815 aa  302  2e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3236  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 
808 aa  288  4e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.833355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6217  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
820 aa  284  5.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1006  hypothetical protein  29.86 
 
 
894 aa  280  7e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2514  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 
821 aa  279  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4785  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
822 aa  277  4e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0252  TonB-dependent receptor, plug  28.14 
 
 
805 aa  277  6e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1863  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
818 aa  266  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38733  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5882  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 
826 aa  263  8.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.431765 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4726  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 
803 aa  261  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0221  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 
830 aa  259  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.280275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4069  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
824 aa  248  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0444701  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3170  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
827 aa  237  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.118965  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3169  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 
813 aa  236  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2626  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  28.02 
 
 
715 aa  233  8.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.33425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2699  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 
817 aa  233  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4493  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 
791 aa  232  3e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.294289  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5200  TonB-dependent receptor plug  27.12 
 
 
818 aa  230  7e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441429  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0256  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 
813 aa  225  2e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.655297  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0346  TonB-dependent receptor plug  25.98 
 
 
805 aa  225  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.684844  normal  0.0398868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2981  TonB-dependent receptor plug  27.96 
 
 
816 aa  222  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.733063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3424  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
847 aa  218  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.052799  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5599  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 
866 aa  208  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000158529  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0220  TonB-dependent receptor plug  28.09 
 
 
804 aa  206  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.831409 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0116  TonB-dependent receptor plug  26.35 
 
 
823 aa  205  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.797457  normal  0.0887465 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1455  TonB-dependent receptor plug  26.37 
 
 
814 aa  196  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.749595 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1515  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 
705 aa  195  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.98093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6378  TonB-dependent receptor plug  25.13 
 
 
828 aa  195  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00914349  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1267  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
805 aa  192  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0311694  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2698  TonB-dependent receptor plug  25.79 
 
 
814 aa  192  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2963  TonB-dependent receptor plug  25.36 
 
 
897 aa  192  2e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.300449  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3096  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 
883 aa  189  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.10953 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4884  TonB-dependent receptor plug  25.41 
 
 
800 aa  188  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.954855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4086  TonB-dependent receptor plug  24.83 
 
 
820 aa  177  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0127812 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2492  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 
795 aa  173  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0237642  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4699  TonB-dependent receptor plug  26.21 
 
 
799 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2740  TonB-dependent receptor plug  24.1 
 
 
725 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.1298  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0895  TonB-dependent receptor plug  23.19 
 
 
806 aa  153  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2098  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 
794 aa  136  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.761399  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5407  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
611 aa  135  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000690953  normal  0.146113 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3391  outer membrane receptor protein mostly Fe transport  24.31 
 
 
709 aa  129  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146239  normal  0.880132 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1136  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 
998 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.028233  normal  0.759049 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0696  hypothetical protein  30.89 
 
 
961 aa  104  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0536  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 
748 aa  96.3  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5348  hypothetical protein  26.81 
 
 
946 aa  92  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2202  hypothetical protein  30.92 
 
 
872 aa  90.9  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.898839  hitchhiker  0.0000000204657 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5762  hypothetical protein  28.02 
 
 
965 aa  89.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03085  hypothetical protein  26.16 
 
 
924 aa  87  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.882894  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3443  hypothetical protein  26.34 
 
 
952 aa  75.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2180  hypothetical protein  25.51 
 
 
782 aa  72.8  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0733  hypothetical protein  26.27 
 
 
904 aa  72.4  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1715  hypothetical protein  25.76 
 
 
887 aa  71.6  0.00000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0205  hypothetical protein  23.23 
 
 
930 aa  70.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3970  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
793 aa  70.5  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1880  hypothetical protein  25.65 
 
 
920 aa  70.1  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
798 aa  68.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 
957 aa  67  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2270  hypothetical protein  23.63 
 
 
929 aa  67.4  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2584  hypothetical protein  23.83 
 
 
926 aa  67.4  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323052  normal  0.265899 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 
962 aa  65.9  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2379  hypothetical protein  24.51 
 
 
921 aa  65.5  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 
943 aa  64.3  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0241  hypothetical protein  26.6 
 
 
929 aa  64.3  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0416678  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2458  hypothetical protein  26.75 
 
 
908 aa  63.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1485  hypothetical protein  25.36 
 
 
895 aa  63.9  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10578  hypothetical protein  22.55 
 
 
915 aa  62.8  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392635  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 
1004 aa  62.4  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4088  hypothetical protein  30.77 
 
 
847 aa  62  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00715502 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 
897 aa  61.6  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 
946 aa  61.6  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  27.43 
 
 
748 aa  60.8  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  27.32 
 
 
919 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5092  TonB-dependent receptor plug  28.23 
 
 
988 aa  60.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303703  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  25.42 
 
 
760 aa  59.7  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 
678 aa  59.3  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 
897 aa  58.5  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  28.81 
 
 
931 aa  57.8  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1161  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 
935 aa  57.8  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880371  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1397  hypothetical protein  24.62 
 
 
995 aa  56.2  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0243953 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  25.73 
 
 
817 aa  56.6  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 
1001 aa  57  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  24.72 
 
 
833 aa  55.8  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 
933 aa  55.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 
972 aa  55.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>