More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2870 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 857 aa  1768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3344  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 791 aa  303  7.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 777 aa  282  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 758 aa  281  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 771 aa  276  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 773 aa  266  8.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 763 aa  264  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 756 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 790 aa  248  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1360  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 810 aa  244  5e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 809 aa  243  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 780 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 785 aa  238  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 822 aa  237  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 755 aa  231  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  27.72 
 
 		 759 aa  229  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 		 782 aa  228  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 730 aa  227  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 785 aa  227  9e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 761 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 779 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 743 aa  222  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 803 aa  223  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 723 aa  222  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 747 aa  222  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 779 aa  221  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 704 aa  221  6e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 764 aa  220  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 726 aa  219  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 825 aa  217  9e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 780 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 765 aa  214  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 767 aa  215  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 783 aa  213  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 761 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  26.3 
 
 		 741 aa  213  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 734 aa  211  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 794 aa  211  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 722 aa  209  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 758 aa  208  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 777 aa  207  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 780 aa  206  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 800 aa  206  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 800 aa  206  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 764 aa  203  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 783 aa  203  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 729 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 762 aa  203  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0865  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 829 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0714067  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 807 aa  201  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 769 aa  201  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 725 aa  201  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 832 aa  200  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 773 aa  200  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 758 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 755 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  25.93 
 
 		 797 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 790 aa  197  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  25.34 
 
 		 695 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 764 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 792 aa  193  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 753 aa  191  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 767 aa  191  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1868  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 867 aa  190  8e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.215038  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 746 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 784 aa  190  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 731 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 743 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 775 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 710 aa  187  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 795 aa  187  8e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 773 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 735 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 769 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 790 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 808 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 753 aa  181  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 771 aa  180  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 773 aa  179  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 730 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 730 aa  178  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 777 aa  178  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3437  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 812 aa  179  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 766 aa  178  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 732 aa  177  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  26.85 
 
 		 733 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 774 aa  173  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 780 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0454  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 807 aa  172  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000638696  n/a   
 
 
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 778 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 853 aa  172  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  25.38 
 
 		 767 aa  171  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 778 aa  171  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  25.71 
 
 		 739 aa  171  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 757 aa  171  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2469  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 843 aa  170  9e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  24.01 
 
 		 754 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 838 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 761 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 856 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>