More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1059 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  53.87 
 
 		 731 aa  794    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 777 aa  1571    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  73.68 
 
 		 758 aa  1157    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1679  TonB-dependent receptor  52.89 
 
 		 742 aa  777    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0383405 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  42.98 
 
 		 769 aa  595  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  44.23 
 
 		 757 aa  597  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  44.3 
 
 		 761 aa  595  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4696  TonB-dependent receptor  43.69 
 
 		 763 aa  580  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.383832  normal  0.747647 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2764  TonB-dependent receptor  42.84 
 
 		 776 aa  570  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.700663 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02728  TonB-dependent outer membrane receptor  40.82 
 
 		 738 aa  536  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0027  TonB-dependent receptor  41.98 
 
 		 754 aa  524  1e-147  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.634145  normal  0.0299657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 747 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 763 aa  240  5.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 794 aa  239  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 773 aa  231  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 773 aa  230  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 771 aa  230  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 771 aa  224  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 777 aa  214  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 726 aa  209  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 758 aa  208  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 725 aa  204  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 761 aa  204  6e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 734 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 722 aa  198  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 803 aa  196  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 737 aa  195  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 762 aa  194  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 748 aa  193  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 756 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  26.36 
 
 		 759 aa  191  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 764 aa  190  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 723 aa  189  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 704 aa  189  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 720 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  27.64 
 
 		 741 aa  187  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 761 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 780 aa  187  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 782 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 771 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 761 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 862 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  26.02 
 
 		 755 aa  185  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 730 aa  184  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 730 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 741 aa  182  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 726 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 798 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 773 aa  180  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 710 aa  180  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 743 aa  179  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 785 aa  179  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 758 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 764 aa  177  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 780 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 729 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 808 aa  176  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 822 aa  176  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 755 aa  175  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 803 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 774 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 722 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 750 aa  174  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 766 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  25.24 
 
 		 797 aa  174  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  25.53 
 
 		 767 aa  173  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 804 aa  172  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 789 aa  171  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 857 aa  171  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3344  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 791 aa  171  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 783 aa  169  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 732 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 728 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 731 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 764 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 792 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 778 aa  168  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 790 aa  168  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 735 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4611  TonB-dependent receptor, plug  27.03 
 
 		 784 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 809 aa  167  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 797 aa  166  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3562  TonB-dependent receptor, plug  24.75 
 
 		 747 aa  165  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000379624  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 790 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 763 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  25.55 
 
 		 695 aa  164  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 775 aa  164  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  24.91 
 
 		 799 aa  164  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  25.16 
 
 		 754 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 785 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 771 aa  163  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 753 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  24.75 
 
 		 776 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 755 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 784 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 873 aa  162  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 780 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 796 aa  159  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 703 aa  160  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  25.18 
 
 		 829 aa  159  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>