More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0785 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 829 aa  1673    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 771 aa  235  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 763 aa  195  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 777 aa  194  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 746 aa  194  7e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 761 aa  190  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 755 aa  189  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 743 aa  186  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 710 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 758 aa  183  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 704 aa  183  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 766 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.5 
 
 		 759 aa  181  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 785 aa  179  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 723 aa  177  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 737 aa  177  8e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 756 aa  177  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 784 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 772 aa  175  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 795 aa  171  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 747 aa  171  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 728 aa  170  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 729 aa  169  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 743 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  26.53 
 
 		 733 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 764 aa  169  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 730 aa  169  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 717 aa  168  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 767 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 730 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 702 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 741 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 789 aa  165  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 730 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  26.27 
 
 		 741 aa  163  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 780 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  25.07 
 
 		 751 aa  163  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 769 aa  162  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  23.88 
 
 		 755 aa  162  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3562  TonB-dependent receptor, plug  25.91 
 
 		 747 aa  160  9e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000379624  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 758 aa  158  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  24.06 
 
 		 856 aa  158  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 764 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  25.2 
 
 		 776 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 741 aa  156  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4330  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 780 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.971491 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 787 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 734 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 764 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 796 aa  155  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 779 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 790 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 730 aa  154  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 726 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 731 aa  153  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 761 aa  152  3e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 809 aa  152  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 761 aa  151  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 777 aa  152  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 848 aa  151  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 735 aa  150  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4696  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 763 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.383832  normal  0.747647 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  25.78 
 
 		 797 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  25.67 
 
 		 809 aa  149  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 743 aa  149  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 771 aa  148  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 794 aa  148  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 761 aa  148  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  23.03 
 
 		 797 aa  147  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 783 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 713 aa  147  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3816  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 		 789 aa  146  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.540841  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 786 aa  145  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 749 aa  146  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 753 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  42.7 
 
 		 779 aa  145  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 773 aa  145  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 775 aa  144  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  22.04 
 
 		 822 aa  144  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 855 aa  144  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 784 aa  144  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 780 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 790 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  23.56 
 
 		 748 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 802 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 733 aa  142  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 736 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 725 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 803 aa  141  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 731 aa  140  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 767 aa  140  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2764  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 776 aa  139  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.700663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 817 aa  139  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 763 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 790 aa  138  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 728 aa  138  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 703 aa  138  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 733 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 800 aa  137  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 800 aa  137  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>