More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0939 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  100 
 
 
763 aa  1562    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0931  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 
747 aa  375  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.171223  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4751  TonB-dependent receptor  32.96 
 
 
795 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0405819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  33.08 
 
 
802 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0149  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 
802 aa  337  5.999999999999999e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0289902  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2580  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 
806 aa  335  3e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531005  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2646  TonB-dependent receptor plug  31.57 
 
 
771 aa  333  5e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2328  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 
786 aa  325  2e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03169  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 
797 aa  316  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 
753 aa  311  4e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  32 
 
 
712 aa  308  3e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5246  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 
762 aa  307  5.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.751713 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2612  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
807 aa  301  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1673  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 
757 aa  300  5e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2226  TonB-dependent receptor, plug  30.03 
 
 
785 aa  286  8e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4302  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 
742 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1463  TonB-dependent receptor, plug  31.38 
 
 
822 aa  278  3e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0000224426  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4611  TonB-dependent receptor, plug  29.61 
 
 
784 aa  264  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 
791 aa  247  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2647  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
847 aa  247  6.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.492144  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3241  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 
780 aa  246  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188368  normal  0.014911 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4347  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 
795 aa  241  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 
780 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 
798 aa  233  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2420  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 
777 aa  233  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.180435  normal  0.160196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 
781 aa  233  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 
734 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  27 
 
 
856 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3941  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 
792 aa  227  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0921  TonB-dependent receptor, plug  28.93 
 
 
889 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4206  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 
752 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.315685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0767  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
883 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000108797  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 
853 aa  222  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2711  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 
766 aa  222  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.918859  normal  0.60729 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3168  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 
795 aa  221  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.43685  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0686  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 
777 aa  220  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
851 aa  219  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0535  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 
808 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2426  TonB-dependent receptor plug  26.19 
 
 
804 aa  210  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812429  normal  0.91606 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2650  TonB-dependent receptor, plug  27.57 
 
 
846 aa  206  9e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1050  TonB-dependent receptor, plug  27.85 
 
 
830 aa  205  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.908027 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02386  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 
886 aa  204  6e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00704542  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2726  TonB-dependent receptor plug  26.2 
 
 
829 aa  200  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.298925 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
724 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3471  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 
788 aa  194  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 
753 aa  191  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0968  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 
709 aa  189  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0613  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 
808 aa  181  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234778  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3036  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 
904 aa  181  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.637497  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  27.49 
 
 
729 aa  178  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 
774 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 
729 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 
704 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 
783 aa  175  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
700 aa  174  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 
743 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 
763 aa  172  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
747 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
751 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
803 aa  170  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 
702 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  25.7 
 
 
715 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
783 aa  168  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 
713 aa  167  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 
780 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 
775 aa  167  8e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
744 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4738  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
756 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1502  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 
801 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 
732 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1676  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 
875 aa  165  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233734  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 
743 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 
794 aa  164  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 
720 aa  164  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 
777 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 
736 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 
748 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 
757 aa  162  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  25.65 
 
 
695 aa  160  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 
777 aa  160  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 
713 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 
730 aa  158  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 
731 aa  157  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 
761 aa  157  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1810  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 
770 aa  157  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
712 aa  157  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 
720 aa  155  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
808 aa  155  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
758 aa  155  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
744 aa  154  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4008  TonB-dependent receptor plug  34.82 
 
 
365 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.139697  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  25.16 
 
 
790 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 
733 aa  152  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 
746 aa  151  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 
764 aa  151  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 
764 aa  151  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 
761 aa  150  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
790 aa  150  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 
730 aa  150  8e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 
680 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>