More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4608 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  49.26 
 
 		 790 aa  671    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 771 aa  1545    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  47.3 
 
 		 778 aa  649    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  45.96 
 
 		 778 aa  639    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  48.99 
 
 		 790 aa  668    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  46.03 
 
 		 767 aa  632  1e-180  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  45.17 
 
 		 803 aa  622  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  44.56 
 
 		 786 aa  611  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  39.45 
 
 		 800 aa  521  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  39.45 
 
 		 800 aa  521  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4329  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 		 734 aa  374  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.692193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0144  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 756 aa  375  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.398028  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2637  TonB-dependent receptor  33.75 
 
 		 773 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 808 aa  354  2.9999999999999997e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 835 aa  328  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 		 814 aa  320  6e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3141  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 815 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 832 aa  283  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 851 aa  276  8e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 855 aa  273  8.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 854 aa  273  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 720 aa  269  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 848 aa  264  4.999999999999999e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 873 aa  262  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0198  outer membrane receptor for iron transport  28.46 
 
 		 878 aa  255  3e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 741 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2555  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 833 aa  253  9.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  29.07 
 
 		 755 aa  252  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 761 aa  251  3e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 710 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 732 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 704 aa  231  4e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 729 aa  225  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 741 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 722 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 		 792 aa  221  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 734 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 736 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 790 aa  214  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 797 aa  212  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 780 aa  212  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 780 aa  211  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 		 783 aa  209  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 780 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 749 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 769 aa  205  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 797 aa  204  6e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 757 aa  204  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 783 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 798 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 788 aa  202  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 790 aa  201  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 803 aa  200  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 864 aa  198  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 783 aa  197  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 769 aa  196  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 838 aa  196  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  26.48 
 
 		 839 aa  196  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3091  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 779 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 728 aa  194  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 773 aa  194  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 862 aa  194  5e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 730 aa  192  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 862 aa  193  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 758 aa  192  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 784 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 723 aa  190  8e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 764 aa  190  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3044  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 775 aa  189  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000826445  unclonable  0.00000113602 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 730 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 751 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 755 aa  188  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 759 aa  187  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 771 aa  188  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 747 aa  187  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 777 aa  187  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 726 aa  187  8e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  26.32 
 
 		 715 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 730 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 758 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 745 aa  184  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 762 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 758 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 773 aa  184  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 758 aa  184  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 720 aa  183  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 794 aa  182  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 787 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  25.65 
 
 		 748 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 761 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 731 aa  181  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 761 aa  181  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3437  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 812 aa  180  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 755 aa  180  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 763 aa  179  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 775 aa  179  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2919  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 763 aa  178  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.239028  normal  0.201579 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 690 aa  178  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 903 aa  177  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  27.48 
 
 		 739 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>