More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0144 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_2637  TonB-dependent receptor  66.57 
 
 		 773 aa  978    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0144  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 756 aa  1543    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.398028  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4329  TonB-dependent receptor  95.91 
 
 		 734 aa  1444    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.692193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  38.78 
 
 		 778 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  39.2 
 
 		 786 aa  501  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  38.76 
 
 		 767 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 		 778 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  38.47 
 
 		 803 aa  472  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  36.33 
 
 		 790 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  36.12 
 
 		 790 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 771 aa  375  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 800 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 800 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 835 aa  254  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2555  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 833 aa  249  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 808 aa  232  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3141  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 815 aa  231  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 854 aa  223  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 814 aa  214  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 851 aa  211  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 855 aa  209  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 832 aa  208  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 848 aa  203  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 720 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 761 aa  187  5e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.52 
 
 		 755 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 873 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 732 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 736 aa  180  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 741 aa  177  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 690 aa  176  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 780 aa  174  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 747 aa  173  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 690 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 764 aa  168  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 777 aa  168  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 794 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 729 aa  165  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 741 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 710 aa  161  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 784 aa  161  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  25.6 
 
 		 739 aa  160  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 717 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 788 aa  158  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 734 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 749 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 730 aa  153  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 769 aa  151  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 765 aa  150  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2919  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 763 aa  150  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.239028  normal  0.201579 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 763 aa  146  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 722 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 757 aa  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 762 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 713 aa  144  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 797 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 723 aa  141  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 763 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 790 aa  141  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 769 aa  141  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 687 aa  140  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 728 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 745 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 796 aa  134  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 783 aa  134  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  28.06 
 
 		 685 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 704 aa  134  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.97 
 
 		 715 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 771 aa  131  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 780 aa  130  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 751 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3091  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 779 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 720 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 803 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 798 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  23.99 
 
 		 776 aa  128  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 775 aa  127  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 783 aa  127  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 755 aa  127  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 780 aa  127  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 		 787 aa  127  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  24.58 
 
 		 754 aa  126  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 764 aa  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 815 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 777 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 730 aa  125  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0787  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 788 aa  124  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.114604  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 750 aa  124  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 771 aa  124  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 761 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  25.12 
 
 		 839 aa  124  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 773 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1846  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 851 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2110  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 765 aa  122  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0914186  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 783 aa  122  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 743 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  22.9 
 
 		 695 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.3 
 
 		 759 aa  121  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 773 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 780 aa  120  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>