More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2040 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 815 aa  1659    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  40.81 
 
 		 896 aa  621  1e-176  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  38.84 
 
 		 903 aa  534  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  31.31 
 
 		 906 aa  382  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 862 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  31.37 
 
 		 839 aa  323  6e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 880 aa  311  4e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 862 aa  302  2e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 864 aa  289  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 		 838 aa  280  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 919 aa  279  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 860 aa  263  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 796 aa  256  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 808 aa  252  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 855 aa  241  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 851 aa  233  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 814 aa  223  9e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 803 aa  220  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 848 aa  217  8e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 780 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 835 aa  214  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 778 aa  214  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 720 aa  212  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 873 aa  211  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  26.14 
 
 		 767 aa  211  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 854 aa  209  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 732 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 762 aa  208  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 777 aa  207  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 763 aa  204  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 790 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  26.06 
 
 		 776 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 764 aa  200  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 786 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 778 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 790 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 783 aa  199  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 800 aa  197  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 800 aa  197  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 784 aa  194  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 798 aa  194  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 783 aa  191  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4231  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 776 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 747 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.75 
 
 		 755 aa  183  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 761 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 741 aa  181  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 769 aa  178  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 765 aa  178  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 710 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 797 aa  178  5e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 803 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 794 aa  174  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 730 aa  174  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  23.74 
 
 		 739 aa  174  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 832 aa  172  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 758 aa  171  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 775 aa  171  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 726 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 730 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 780 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 790 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 733 aa  167  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 786 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1573  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 796 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 758 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 774 aa  164  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 729 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  24.78 
 
 		 776 aa  163  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 741 aa  163  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 751 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  24.26 
 
 		 695 aa  162  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 783 aa  161  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 792 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 753 aa  160  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 790 aa  160  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  24.68 
 
 		 809 aa  160  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  24 
 
 		 797 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3141  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 815 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 722 aa  158  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 743 aa  157  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 817 aa  156  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 761 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 755 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 745 aa  154  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 755 aa  154  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 787 aa  154  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  21.87 
 
 		 725 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3263  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 860 aa  152  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.327376  hitchhiker  0.00174671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1868  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 867 aa  152  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.215038  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 728 aa  152  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 765 aa  151  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 832 aa  151  5e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 732 aa  150  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 756 aa  150  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 713 aa  150  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 759 aa  150  9e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 780 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0330  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 777 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 703 aa  149  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>