More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2319 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 765 aa  1561    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 713 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 769 aa  237  6e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 803 aa  226  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4231  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 776 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 783 aa  212  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 783 aa  207  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 764 aa  202  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 780 aa  200  6e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 747 aa  195  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 720 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 757 aa  191  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 803 aa  187  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  26.38 
 
 		 809 aa  186  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 800 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 800 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 783 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 797 aa  183  8.000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  25.41 
 
 		 776 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4330  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 780 aa  181  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.971491 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 784 aa  180  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 761 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  25.24 
 
 		 767 aa  179  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 790 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  26.52 
 
 		 739 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 761 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2469  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 843 aa  175  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 785 aa  175  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 730 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 763 aa  175  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 751 aa  174  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 771 aa  174  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 761 aa  173  9e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 737 aa  173  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 758 aa  173  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 769 aa  172  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 731 aa  172  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 741 aa  172  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 798 aa  170  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 758 aa  170  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 758 aa  169  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0667  putative TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 793 aa  169  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 794 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 787 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3508  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 840 aa  168  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  25.48 
 
 		 755 aa  168  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 778 aa  168  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 758 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  25.6 
 
 		 797 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 775 aa  167  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 744 aa  167  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3044  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 775 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000826445  unclonable  0.00000113602 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  23.53 
 
 		 839 aa  166  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 758 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 732 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 724 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  26.84 
 
 		 799 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 730 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 726 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 765 aa  164  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 762 aa  164  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1676  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 759 aa  164  8.000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 903 aa  163  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1080  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 937 aa  163  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72185  normal  0.584922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 786 aa  163  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 778 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 704 aa  162  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 804 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 759 aa  162  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 790 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 713 aa  161  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 848 aa  161  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 803 aa  160  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 860 aa  160  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 723 aa  160  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 792 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 730 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 851 aa  159  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 771 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3469  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 824 aa  158  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 734 aa  158  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1889  TonB-dependent receptor  23.15 
 
 		 817 aa  157  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 797 aa  157  8e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 786 aa  157  8e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  23.51 
 
 		 748 aa  157  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 796 aa  156  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 794 aa  156  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 767 aa  156  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 873 aa  156  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 769 aa  156  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 743 aa  156  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 722 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 862 aa  155  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 814 aa  156  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 733 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 788 aa  154  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 713 aa  154  8.999999999999999e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  25.29 
 
 		 776 aa  153  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 758 aa  153  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 796 aa  152  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>