More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0505 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  100 
 
 
713 aa  1442    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  45.43 
 
 
700 aa  595  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  42.32 
 
 
695 aa  535  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 
702 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  34.96 
 
 
732 aa  348  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
767 aa  335  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 
733 aa  328  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  32.69 
 
 
713 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4145  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 
737 aa  290  9e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072691  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4085  TonB-dependent receptor  32.36 
 
 
685 aa  289  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.141893  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 
730 aa  276  7e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 
710 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 
751 aa  273  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 
703 aa  265  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  29.34 
 
 
715 aa  265  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
718 aa  262  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 
853 aa  259  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 
724 aa  258  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 
851 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 
736 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
730 aa  256  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 
763 aa  248  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  30.95 
 
 
759 aa  247  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 
704 aa  247  6e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
771 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  30 
 
 
794 aa  240  6.999999999999999e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 
765 aa  240  8e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
803 aa  240  8e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
763 aa  236  9e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 
761 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 
720 aa  233  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
753 aa  231  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 
747 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 
790 aa  226  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 
737 aa  223  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 
741 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
712 aa  221  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 
779 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 
743 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1066  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
844 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308413  normal  0.134897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
688 aa  219  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 
775 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 
728 aa  218  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
755 aa  217  5.9999999999999996e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 
720 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 
778 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 
761 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 
753 aa  216  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
764 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 
717 aa  214  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
778 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  29.04 
 
 
739 aa  213  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 
723 aa  213  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 
802 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 
758 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 
764 aa  211  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
782 aa  210  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
758 aa  210  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 
803 aa  210  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
725 aa  210  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 
757 aa  209  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 
766 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  28.63 
 
 
767 aa  207  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 
784 aa  206  9e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 
732 aa  205  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 
726 aa  204  6e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 
783 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 
771 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55050  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
684 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.04288e-20 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 
743 aa  200  7.999999999999999e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 
743 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
690 aa  199  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 
695 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
734 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 
730 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 
787 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
773 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 
746 aa  198  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2328  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 
786 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 
786 aa  197  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 
753 aa  197  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 
761 aa  197  7e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 
728 aa  197  8.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 
773 aa  196  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
780 aa  196  9e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  28.14 
 
 
733 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 
764 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 
720 aa  196  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 
780 aa  194  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 
780 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1671  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
732 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 
680 aa  194  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
790 aa  194  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
690 aa  194  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4611  TonB-dependent receptor, plug  29.21 
 
 
784 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 
777 aa  192  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 
817 aa  192  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 
687 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
796 aa  192  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 
731 aa  191  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>