More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0155 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 774 aa  1571    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  37.47 
 
 		 730 aa  455  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  37.17 
 
 		 743 aa  438  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  36.34 
 
 		 733 aa  432  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  35.8 
 
 		 779 aa  386  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  34.27 
 
 		 782 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 		 772 aa  369  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  31.7 
 
 		 789 aa  341  2.9999999999999998e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  32.22 
 
 		 764 aa  334  4e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  33.42 
 
 		 773 aa  327  6e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3816  TonB-dependent receptor, plug  30.7 
 
 		 789 aa  308  2.0000000000000002e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.540841  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 767 aa  290  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 771 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 765 aa  274  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 763 aa  268  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 747 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 783 aa  258  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 758 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 756 aa  251  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  29.54 
 
 		 776 aa  249  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 755 aa  246  9e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 773 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 777 aa  244  7e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 761 aa  242  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 803 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  28.63 
 
 		 759 aa  241  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 794 aa  241  5e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 773 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 771 aa  239  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 704 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.07 
 
 		 739 aa  231  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 730 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 783 aa  229  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 758 aa  227  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 700 aa  226  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 710 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 790 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 764 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 755 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 720 aa  219  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 729 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 777 aa  214  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 775 aa  213  7.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 808 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 741 aa  212  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  28.17 
 
 		 809 aa  210  7e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 728 aa  209  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 764 aa  209  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 723 aa  207  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 761 aa  207  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 743 aa  207  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 780 aa  207  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 792 aa  206  9e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 780 aa  204  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 764 aa  204  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  26.84 
 
 		 797 aa  204  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 726 aa  203  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 744 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 725 aa  201  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 792 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 732 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 717 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 743 aa  196  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 786 aa  196  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 796 aa  195  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 730 aa  194  5e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 757 aa  194  7e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 790 aa  194  8e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 771 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 807 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 746 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 731 aa  191  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 766 aa  190  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 785 aa  190  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3344  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 791 aa  189  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 737 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 745 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 748 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 774 aa  188  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 722 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 758 aa  187  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 749 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 759 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 702 aa  183  9.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  25.46 
 
 		 839 aa  183  9.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 803 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 769 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 780 aa  182  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  25.2 
 
 		 695 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 862 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 758 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1360  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 810 aa  182  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 822 aa  181  5.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 832 aa  180  7e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 726 aa  180  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 750 aa  178  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 758 aa  178  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 864 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 857 aa  178  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 790 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>