More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3904 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 762 aa  1556    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 729 aa  325  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 734 aa  293  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 704 aa  267  5e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 764 aa  256  9e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 747 aa  252  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 761 aa  251  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 783 aa  251  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 765 aa  251  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 817 aa  248  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  28.86 
 
 		 776 aa  249  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 723 aa  247  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 741 aa  247  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 720 aa  246  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 759 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 794 aa  243  9e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 710 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 745 aa  241  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 732 aa  240  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 730 aa  239  9e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 726 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 731 aa  237  5.0000000000000005e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 750 aa  235  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 751 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 761 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 790 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 773 aa  233  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 773 aa  230  7e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 771 aa  230  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 783 aa  230  9e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 736 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 726 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 786 aa  227  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 780 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 728 aa  226  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 758 aa  226  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 774 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 790 aa  226  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  27.33 
 
 		 715 aa  224  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 758 aa  224  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 703 aa  223  7e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  27.55 
 
 		 748 aa  223  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.21 
 
 		 739 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 758 aa  220  8.999999999999998e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 732 aa  219  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 758 aa  219  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 743 aa  219  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 758 aa  219  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 744 aa  218  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 792 aa  216  9e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0667  putative TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 793 aa  216  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 749 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  28.1 
 
 		 741 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 771 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 728 aa  213  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 756 aa  210  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 758 aa  210  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 763 aa  209  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 758 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 733 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 815 aa  208  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 766 aa  207  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 755 aa  207  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 780 aa  205  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 777 aa  205  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 783 aa  205  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 722 aa  204  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 755 aa  204  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  25.91 
 
 		 755 aa  203  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 803 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 784 aa  203  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 792 aa  201  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  26.26 
 
 		 755 aa  201  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 808 aa  201  6e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 733 aa  200  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 730 aa  200  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 775 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 853 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 780 aa  198  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 796 aa  198  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 825 aa  198  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  27.68 
 
 		 759 aa  197  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 761 aa  197  6e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 851 aa  196  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 741 aa  196  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 757 aa  196  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 790 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 790 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 775 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 771 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  25.29 
 
 		 797 aa  195  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 764 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 838 aa  194  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 777 aa  193  8e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 769 aa  193  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 787 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 722 aa  192  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 798 aa  191  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 770 aa  191  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 773 aa  191  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>