More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3171 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  67.23 
 
 		 750 aa  1035    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  56.81 
 
 		 792 aa  875    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  62.61 
 
 		 774 aa  978    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  83.66 
 
 		 758 aa  1300    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  82.61 
 
 		 758 aa  1288    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 759 aa  1546    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  83 
 
 		 758 aa  1291    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  82.74 
 
 		 758 aa  1304    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  41.16 
 
 		 743 aa  497  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  38.77 
 
 		 770 aa  492  1e-137  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  39.78 
 
 		 745 aa  484  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  38.13 
 
 		 771 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  37.28 
 
 		 786 aa  444  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  37.86 
 
 		 728 aa  431  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 761 aa  296  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  31.42 
 
 		 761 aa  286  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 803 aa  279  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 765 aa  275  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 775 aa  273  8.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  30.25 
 
 		 776 aa  273  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 780 aa  270  8.999999999999999e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  28.61 
 
 		 751 aa  264  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 764 aa  263  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  31.42 
 
 		 741 aa  263  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 790 aa  261  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 790 aa  260  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 730 aa  260  6e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 710 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 794 aa  257  5e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 780 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 755 aa  253  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 722 aa  249  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 792 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 729 aa  248  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 762 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 769 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 749 aa  244  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 736 aa  244  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 728 aa  240  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 704 aa  240  9e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 747 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 753 aa  239  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 783 aa  234  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 785 aa  231  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 817 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 832 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 741 aa  227  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 784 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 754 aa  225  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 794 aa  223  9e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 773 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 780 aa  222  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 787 aa  221  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 720 aa  220  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 733 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 771 aa  219  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 730 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 862 aa  218  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 773 aa  216  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 758 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 737 aa  216  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 732 aa  214  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 726 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 771 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 784 aa  210  9e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 780 aa  209  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 804 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 746 aa  207  5e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 730 aa  207  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 775 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 807 aa  205  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  27.66 
 
 		 755 aa  203  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 726 aa  203  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 763 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 777 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  27.13 
 
 		 759 aa  200  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 777 aa  197  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  27.09 
 
 		 739 aa  197  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  25.74 
 
 		 799 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 733 aa  196  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 764 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  26.1 
 
 		 754 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 783 aa  196  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 783 aa  194  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 761 aa  193  8e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 741 aa  192  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0330  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 777 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 856 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 800 aa  191  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 800 aa  191  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 734 aa  191  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 880 aa  190  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2110  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 765 aa  188  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0914186  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  25.43 
 
 		 748 aa  188  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 758 aa  187  8e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 796 aa  187  9e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.54 
 
 		 755 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 771 aa  186  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 779 aa  185  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 758 aa  184  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>