138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3640 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  100 
 
 		 378 aa  775    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  88.89 
 
 		 378 aa  693    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  65.51 
 
 		 376 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  68.68 
 
 		 380 aa  501  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  65.78 
 
 		 375 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  64.97 
 
 		 376 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  64.44 
 
 		 376 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  63.9 
 
 		 376 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  63.76 
 
 		 379 aa  481  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  64.17 
 
 		 384 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  64.35 
 
 		 359 aa  477  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  64.33 
 
 		 355 aa  471  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  56.61 
 
 		 380 aa  408  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  50.4 
 
 		 379 aa  368  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  51.84 
 
 		 393 aa  357  2.9999999999999997e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  53.46 
 
 		 383 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  49.07 
 
 		 380 aa  343  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  49.47 
 
 		 393 aa  339  5e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  51.99 
 
 		 393 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  48.78 
 
 		 364 aa  332  6e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  45.99 
 
 		 388 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  50.92 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  50.13 
 
 		 393 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  47.88 
 
 		 380 aa  323  4e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.02 
 
 		 396 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.16 
 
 		 360 aa  152  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.65 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  33.8 
 
 		 371 aa  149  8e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  35.49 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  32.88 
 
 		 354 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.81 
 
 		 366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.31 
 
 		 386 aa  136  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  32.3 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.49 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.06 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.17 
 
 		 355 aa  133  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  28.29 
 
 		 424 aa  133  6e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.17 
 
 		 355 aa  133  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  31.53 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  28.9 
 
 		 424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.91 
 
 		 368 aa  126  5e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  27.99 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  26.93 
 
 		 419 aa  124  2e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.86 
 
 		 387 aa  123  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  28.04 
 
 		 387 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.04 
 
 		 380 aa  123  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  28.65 
 
 		 362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31.73 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  30.48 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.12 
 
 		 387 aa  115  8.999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.41 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  26.63 
 
 		 387 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  26.56 
 
 		 382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.4 
 
 		 392 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.2 
 
 		 387 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  30.87 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  29.18 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  26.12 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  26.4 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  29.26 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  26.37 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  29.62 
 
 		 356 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  25.99 
 
 		 384 aa  102  8e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.73 
 
 		 383 aa  102  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  26.12 
 
 		 381 aa  94.7  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.18 
 
 		 383 aa  94.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.61 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  27.76 
 
 		 382 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  27.06 
 
 		 359 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  28.28 
 
 		 359 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  29.13 
 
 		 392 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  29.51 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  28.16 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  28.34 
 
 		 393 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.31 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  23.96 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.72 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  25.46 
 
 		 373 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  27.79 
 
 		 393 aa  79.7  0.00000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  24.65 
 
 		 375 aa  79.7  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  29.59 
 
 		 381 aa  79.3  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  26.37 
 
 		 386 aa  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  24.79 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  27.86 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  30.23 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  26.18 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  25.56 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  29.65 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  29.65 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  24.86 
 
 		 396 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  29.08 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  28.06 
 
 		 425 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  28.25 
 
 		 432 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  26.9 
 
 		 437 aa  62  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  25.61 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  22.97 
 
 		 401 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  19.38 
 
 		 371 aa  60.5  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  35 
 
 		 171 aa  60.1  0.00000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  22.61 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  24.16 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>