89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2252 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 380 aa  783    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  90.79 
 
 		 380 aa  682    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  52.96 
 
 		 388 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  51.86 
 
 		 393 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  52.41 
 
 		 379 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  51.47 
 
 		 393 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  51.33 
 
 		 393 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  49.34 
 
 		 380 aa  362  4e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  52.97 
 
 		 382 aa  355  5.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  50 
 
 		 376 aa  355  7.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  53.87 
 
 		 383 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  52.03 
 
 		 364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  49.07 
 
 		 378 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  48.82 
 
 		 384 aa  352  5.9999999999999994e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  49.73 
 
 		 376 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  49.47 
 
 		 375 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  49.6 
 
 		 380 aa  349  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  48.41 
 
 		 379 aa  347  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  49.86 
 
 		 359 aa  345  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  47.48 
 
 		 378 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  49.73 
 
 		 393 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  47.31 
 
 		 376 aa  336  5e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  47.85 
 
 		 376 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  49.01 
 
 		 355 aa  330  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  29.17 
 
 		 424 aa  166  5e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  30.5 
 
 		 414 aa  154  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  30.91 
 
 		 424 aa  152  5.9999999999999996e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  33.99 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  32.98 
 
 		 396 aa  150  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  32.2 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  31.14 
 
 		 360 aa  135  9e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.14 
 
 		 386 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  28.04 
 
 		 419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  27.82 
 
 		 366 aa  122  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  30.22 
 
 		 366 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  29.86 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  28.42 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 		 380 aa  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.57 
 
 		 359 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  28.45 
 
 		 366 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  29.05 
 
 		 355 aa  102  8e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  29.05 
 
 		 355 aa  102  8e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  26.24 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  27.91 
 
 		 351 aa  97.8  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  26.42 
 
 		 372 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  29.07 
 
 		 360 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  23.45 
 
 		 362 aa  94.7  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  27.08 
 
 		 349 aa  93.6  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.68 
 
 		 387 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  26.58 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  26.35 
 
 		 349 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.29 
 
 		 352 aa  89.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.91 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  23.97 
 
 		 388 aa  87.8  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.32 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  23.9 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  24.11 
 
 		 382 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  23.48 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  23.1 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.93 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.1 
 
 		 383 aa  84  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.53 
 
 		 387 aa  83.6  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  24.27 
 
 		 392 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.27 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  24.23 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.86 
 
 		 368 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  23.78 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  29.12 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  31.47 
 
 		 396 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  28.91 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  23.08 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  26.12 
 
 		 381 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  22.91 
 
 		 373 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  25.57 
 
 		 382 aa  70.1  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  22.65 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.92 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  30.77 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  24.93 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  26.27 
 
 		 374 aa  66.2  0.0000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.49 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  25.47 
 
 		 380 aa  65.1  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.27 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  26.83 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  31.41 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  26.03 
 
 		 393 aa  57  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  28.99 
 
 		 383 aa  53.9  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  25.75 
 
 		 393 aa  53.5  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  29.75 
 
 		 133 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  28.06 
 
 		 386 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>