106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3125 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  100 
 
 
393 aa  781    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  75.06 
 
 
393 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  76.59 
 
 
393 aa  541  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  61.66 
 
 
393 aa  457  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  61.58 
 
 
382 aa  421  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  55.73 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  56.38 
 
 
380 aa  408  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  57.45 
 
 
383 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  57.03 
 
 
364 aa  382  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  53.89 
 
 
376 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  53.08 
 
 
376 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  51.47 
 
 
380 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  53.28 
 
 
375 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  52.66 
 
 
376 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  52.11 
 
 
379 aa  363  3e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  53.99 
 
 
359 aa  363  4e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  52.39 
 
 
376 aa  361  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  52.22 
 
 
384 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  49.47 
 
 
378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  52.94 
 
 
380 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  49.07 
 
 
378 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  50.13 
 
 
380 aa  351  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  45.41 
 
 
388 aa  346  4e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  50.98 
 
 
355 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.77 
 
 
396 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  38.46 
 
 
372 aa  166  8e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  38.33 
 
 
360 aa  158  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  35.62 
 
 
371 aa  151  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  33.43 
 
 
386 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.05 
 
 
366 aa  146  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  33.05 
 
 
366 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  27.43 
 
 
424 aa  138  2e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  29.95 
 
 
414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
360 aa  136  8e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  29.14 
 
 
419 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.83 
 
 
366 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  28.88 
 
 
424 aa  132  9e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  31.45 
 
 
349 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
380 aa  124  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.37 
 
 
355 aa  123  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.37 
 
 
355 aa  123  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.78 
 
 
359 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  30.56 
 
 
349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.19 
 
 
354 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  27.25 
 
 
382 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  27.62 
 
 
368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  29.57 
 
 
360 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  27.56 
 
 
387 aa  109  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
381 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  28.97 
 
 
360 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  26.33 
 
 
372 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  28.09 
 
 
387 aa  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  30.03 
 
 
351 aa  106  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.72 
 
 
383 aa  105  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  26.42 
 
 
362 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  27.18 
 
 
384 aa  105  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  31.27 
 
 
359 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.61 
 
 
387 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.99 
 
 
387 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  27.05 
 
 
371 aa  100  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.09 
 
 
387 aa  100  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  26.77 
 
 
388 aa  97.1  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  27.42 
 
 
352 aa  96.3  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.42 
 
 
371 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  27.46 
 
 
392 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.86 
 
 
381 aa  93.2  7e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  32.46 
 
 
359 aa  92  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.04 
 
 
376 aa  90.1  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  23.69 
 
 
376 aa  89.4  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  26.32 
 
 
373 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  29.13 
 
 
383 aa  86.3  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  29.11 
 
 
356 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  27.68 
 
 
382 aa  82  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  29.34 
 
 
380 aa  80.1  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  33.99 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  28.91 
 
 
396 aa  76.6  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  29.47 
 
 
381 aa  75.9  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  24.93 
 
 
375 aa  70.1  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  26.67 
 
 
383 aa  68.2  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  26.55 
 
 
374 aa  67  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  34.59 
 
 
400 aa  67  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  21.89 
 
 
371 aa  66.6  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  28.38 
 
 
393 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  25.2 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  25.26 
 
 
370 aa  66.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  24.35 
 
 
368 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.41 
 
 
372 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  27.91 
 
 
393 aa  62.4  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  36.69 
 
 
386 aa  59.3  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  33.75 
 
 
171 aa  57  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  34.75 
 
 
133 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  27.75 
 
 
426 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  27.68 
 
 
426 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.68 
 
 
426 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.23 
 
 
426 aa  47.4  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.68 
 
 
426 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  23.86 
 
 
422 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  31.85 
 
 
257 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  23.88 
 
 
394 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  30.4 
 
 
419 aa  45.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>