158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6243 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  100 
 
 
366 aa  746    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  73.03 
 
 
366 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  72.19 
 
 
366 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  55.46 
 
 
349 aa  369  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  51.99 
 
 
351 aa  352  8e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  52.87 
 
 
349 aa  345  8e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  50.43 
 
 
354 aa  330  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  49.43 
 
 
352 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  49.57 
 
 
355 aa  325  5e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  49.57 
 
 
355 aa  325  5e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  49.13 
 
 
359 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  48.84 
 
 
360 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  47.98 
 
 
360 aa  292  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  46.89 
 
 
356 aa  290  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  49.28 
 
 
359 aa  278  8e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  45.98 
 
 
359 aa  260  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  39.35 
 
 
372 aa  204  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  37.05 
 
 
386 aa  192  9e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  35.82 
 
 
368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  36.24 
 
 
396 aa  170  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  36.19 
 
 
371 aa  169  8e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  32.61 
 
 
380 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  34.35 
 
 
362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  34.73 
 
 
379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.61 
 
 
360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.36 
 
 
387 aa  162  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.51 
 
 
387 aa  161  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.54 
 
 
383 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.81 
 
 
371 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  32.64 
 
 
388 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  32.08 
 
 
376 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  31.27 
 
 
384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  33.15 
 
 
380 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.51 
 
 
387 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  31.48 
 
 
382 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  31.17 
 
 
371 aa  151  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  33.05 
 
 
376 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  32.48 
 
 
376 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  31.89 
 
 
373 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  33.43 
 
 
380 aa  149  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  30.56 
 
 
372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.29 
 
 
375 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  35.04 
 
 
386 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  31.25 
 
 
392 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  30.35 
 
 
387 aa  146  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  30.79 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  33.24 
 
 
379 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  32.42 
 
 
393 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  33.61 
 
 
393 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  31.7 
 
 
376 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  30.91 
 
 
387 aa  142  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  33.53 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  32.84 
 
 
360 aa  140  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  30.4 
 
 
393 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  30.06 
 
 
378 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  30.36 
 
 
382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  30 
 
 
392 aa  133  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  29.79 
 
 
372 aa  133  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  29.64 
 
 
396 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  32.1 
 
 
383 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  30.84 
 
 
359 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  30.62 
 
 
384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  29.21 
 
 
378 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  30.35 
 
 
383 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  30.66 
 
 
393 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  27.82 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  29.17 
 
 
400 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.87 
 
 
380 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  27.97 
 
 
364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.22 
 
 
381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  27.13 
 
 
376 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  30.6 
 
 
381 aa  113  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  27.01 
 
 
376 aa  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.55 
 
 
370 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  27.9 
 
 
380 aa  109  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  32.98 
 
 
381 aa  109  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  29.49 
 
 
417 aa  107  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.97 
 
 
383 aa  106  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  28.33 
 
 
388 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  25.34 
 
 
375 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  29.65 
 
 
393 aa  99.8  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  26.22 
 
 
419 aa  98.2  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  27.51 
 
 
374 aa  94.4  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  24.87 
 
 
432 aa  94.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.76 
 
 
394 aa  94.4  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  28.8 
 
 
393 aa  94.4  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  26.4 
 
 
444 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.03 
 
 
371 aa  93.6  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  28.24 
 
 
447 aa  93.6  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  26.18 
 
 
437 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  27.99 
 
 
413 aa  90.5  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  24.86 
 
 
409 aa  89.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  24.87 
 
 
432 aa  86.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  26.55 
 
 
399 aa  86.3  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  30.1 
 
 
427 aa  84.7  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  26.89 
 
 
411 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  25.45 
 
 
423 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  28.57 
 
 
419 aa  83.6  0.000000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.53 
 
 
371 aa  80.5  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  25.91 
 
 
425 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>