132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1749 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  100 
 
 
360 aa  709    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  55.41 
 
 
371 aa  338  7e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  54.85 
 
 
360 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  38.78 
 
 
359 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  43.68 
 
 
372 aa  188  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  40.93 
 
 
360 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  41.1 
 
 
360 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  37.95 
 
 
349 aa  179  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  38.33 
 
 
349 aa  175  9e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  38.12 
 
 
355 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  38.12 
 
 
355 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  36.92 
 
 
366 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  36.46 
 
 
354 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  37.1 
 
 
366 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  36.83 
 
 
396 aa  164  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  35.96 
 
 
386 aa  162  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  36.66 
 
 
352 aa  159  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  34.86 
 
 
368 aa  157  3e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  34.95 
 
 
351 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  36.34 
 
 
380 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  35.61 
 
 
393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  34.52 
 
 
371 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  56.49 
 
 
133 aa  143  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  34.47 
 
 
379 aa  143  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  36.2 
 
 
386 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  37.91 
 
 
380 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  38.23 
 
 
359 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  33.9 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.84 
 
 
366 aa  140  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  34.66 
 
 
376 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  34.38 
 
 
393 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  33.33 
 
 
378 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  32.77 
 
 
379 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  33.81 
 
 
376 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  34.22 
 
 
372 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  35.1 
 
 
382 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  39.72 
 
 
359 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  32.67 
 
 
376 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  31.53 
 
 
378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  33.53 
 
 
355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  31.92 
 
 
375 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  34.09 
 
 
384 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
393 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  30.57 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  35.14 
 
 
393 aa  126  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  33.61 
 
 
380 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  29 
 
 
372 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  31.53 
 
 
376 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  33.69 
 
 
383 aa  123  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  28.96 
 
 
362 aa  123  5e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  31.14 
 
 
380 aa  122  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  32.26 
 
 
359 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  34.67 
 
 
356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.21 
 
 
387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  30.71 
 
 
388 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  33.25 
 
 
381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  46.3 
 
 
171 aa  116  6e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  27.18 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  27.08 
 
 
376 aa  116  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  31.28 
 
 
381 aa  115  7.999999999999999e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  29.65 
 
 
371 aa  114  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  29.49 
 
 
388 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  33.14 
 
 
383 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.57 
 
 
387 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  29.97 
 
 
396 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  28.8 
 
 
382 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  34.22 
 
 
381 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  33.07 
 
 
382 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.3 
 
 
387 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  31.33 
 
 
383 aa  106  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  29.21 
 
 
392 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  27.32 
 
 
384 aa  102  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.59 
 
 
383 aa  102  9e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  31.65 
 
 
392 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  28.08 
 
 
387 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  24.66 
 
 
371 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  26.76 
 
 
375 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  30.81 
 
 
364 aa  97.4  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  25.96 
 
 
374 aa  90.9  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  27.76 
 
 
373 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  27.2 
 
 
424 aa  89.4  9e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  25.07 
 
 
414 aa  87.8  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  30.14 
 
 
393 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  27.52 
 
 
400 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  30.19 
 
 
393 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  28.12 
 
 
419 aa  81.3  0.00000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  26.01 
 
 
424 aa  79.7  0.00000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  26.72 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.09 
 
 
368 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  25.51 
 
 
394 aa  73.2  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  36.97 
 
 
425 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  23.32 
 
 
371 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  31.74 
 
 
429 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  33.16 
 
 
457 aa  60.8  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  39.05 
 
 
447 aa  60.5  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  29.78 
 
 
444 aa  57.4  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  27.12 
 
 
421 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  27.12 
 
 
421 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  27.12 
 
 
421 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>