131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0977 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  100 
 
 
379 aa  776    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  64.83 
 
 
380 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  56.61 
 
 
379 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  57.98 
 
 
393 aa  418  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  56.12 
 
 
384 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  55.73 
 
 
393 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  57.48 
 
 
383 aa  400  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  56.65 
 
 
382 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  54.79 
 
 
375 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  54.79 
 
 
376 aa  391  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  56.38 
 
 
393 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  56.23 
 
 
359 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  54.84 
 
 
376 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  53.99 
 
 
376 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  54.3 
 
 
376 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  53.95 
 
 
380 aa  386  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  52 
 
 
378 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  55.06 
 
 
355 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  57.1 
 
 
393 aa  378  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  53.48 
 
 
380 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  52.41 
 
 
380 aa  371  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  50.4 
 
 
378 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  52.3 
 
 
364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  44.5 
 
 
388 aa  325  7e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  35.64 
 
 
396 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.83 
 
 
372 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  33.53 
 
 
386 aa  152  8.999999999999999e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.17 
 
 
360 aa  149  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  30.1 
 
 
419 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  35.85 
 
 
371 aa  146  7.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  33.24 
 
 
366 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.47 
 
 
360 aa  143  5e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  29.85 
 
 
424 aa  140  4.999999999999999e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  34.09 
 
 
366 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  27.98 
 
 
424 aa  135  9.999999999999999e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  29.88 
 
 
414 aa  133  6.999999999999999e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.51 
 
 
368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  32.58 
 
 
355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  32.58 
 
 
355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  29.63 
 
 
354 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.37 
 
 
366 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  30.21 
 
 
349 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  27.76 
 
 
362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  30.97 
 
 
349 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
380 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.25 
 
 
359 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  28.57 
 
 
351 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.67 
 
 
387 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  29.13 
 
 
371 aa  105  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  26.05 
 
 
372 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  28.74 
 
 
352 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  28 
 
 
360 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  26.48 
 
 
376 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.59 
 
 
387 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  26.82 
 
 
387 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.49 
 
 
387 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.76 
 
 
360 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  31.28 
 
 
386 aa  100  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  26.74 
 
 
388 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  25.19 
 
 
382 aa  98.2  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.48 
 
 
359 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.27 
 
 
381 aa  97.1  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  25.09 
 
 
376 aa  96.7  6e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.04 
 
 
387 aa  96.7  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  29.55 
 
 
381 aa  93.2  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  28.49 
 
 
356 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  31.98 
 
 
392 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.51 
 
 
371 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  30.29 
 
 
359 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  27.02 
 
 
382 aa  86.7  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  26.28 
 
 
381 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  25.45 
 
 
392 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25 
 
 
383 aa  85.1  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  24.73 
 
 
384 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.49 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  27.8 
 
 
380 aa  83.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  26.51 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  28.87 
 
 
372 aa  82  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.26 
 
 
368 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  29.13 
 
 
396 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  27.4 
 
 
393 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  25.26 
 
 
383 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  22.93 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  29.75 
 
 
393 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  27.22 
 
 
400 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  23.92 
 
 
370 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  27.32 
 
 
374 aa  70.9  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  25.32 
 
 
383 aa  68.9  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  34.78 
 
 
171 aa  67.4  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  22.69 
 
 
371 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  29.35 
 
 
426 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.35 
 
 
426 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.35 
 
 
426 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  28.86 
 
 
426 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  29.8 
 
 
422 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  28.86 
 
 
425 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  27.66 
 
 
425 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  27.66 
 
 
425 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  29.71 
 
 
424 aa  59.7  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  24.87 
 
 
394 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>