178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4194 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  100 
 
 
382 aa  765    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  53.81 
 
 
380 aa  386  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  50.13 
 
 
372 aa  345  7e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  50.27 
 
 
371 aa  345  8.999999999999999e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  45.7 
 
 
373 aa  323  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  45.85 
 
 
392 aa  317  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  43.75 
 
 
382 aa  313  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  44.3 
 
 
387 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  46.01 
 
 
372 aa  311  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  44.3 
 
 
387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  45.08 
 
 
387 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  43.78 
 
 
388 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  41.71 
 
 
384 aa  306  3e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  44.33 
 
 
387 aa  305  6e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40.93 
 
 
383 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  43.12 
 
 
387 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  43.9 
 
 
396 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  47.23 
 
 
392 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  43.46 
 
 
400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  47.76 
 
 
393 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  47.23 
 
 
393 aa  268  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  41.21 
 
 
383 aa  233  6e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  38.96 
 
 
381 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  39.34 
 
 
381 aa  220  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  38.34 
 
 
383 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  36.29 
 
 
349 aa  199  7.999999999999999e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  31.98 
 
 
376 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  37.1 
 
 
349 aa  195  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  38.02 
 
 
381 aa  193  4e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.09 
 
 
362 aa  192  8e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.17 
 
 
376 aa  186  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.78 
 
 
371 aa  181  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
366 aa  177  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  34.88 
 
 
359 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  33.61 
 
 
355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.54 
 
 
366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  33.61 
 
 
355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  33.16 
 
 
366 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  32.8 
 
 
354 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  37.57 
 
 
372 aa  160  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  32.23 
 
 
352 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  32.65 
 
 
386 aa  155  9e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  35.87 
 
 
360 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  36.61 
 
 
360 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  35.14 
 
 
356 aa  149  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  31.82 
 
 
368 aa  144  3e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  31.34 
 
 
351 aa  142  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  34.52 
 
 
359 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.04 
 
 
360 aa  132  9e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  35.07 
 
 
359 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  28.76 
 
 
374 aa  125  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  33.87 
 
 
360 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  31.32 
 
 
376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  32.64 
 
 
371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  32.05 
 
 
396 aa  119  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  29.27 
 
 
386 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  31.4 
 
 
376 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  30.19 
 
 
376 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  33.81 
 
 
384 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  31.73 
 
 
380 aa  113  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  28.62 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.09 
 
 
375 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.64 
 
 
370 aa  109  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  30.91 
 
 
376 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  25.95 
 
 
371 aa  109  9.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  30.92 
 
 
378 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  25.82 
 
 
375 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.3 
 
 
379 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  28.69 
 
 
379 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  31.28 
 
 
359 aa  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  28.53 
 
 
378 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  25.4 
 
 
394 aa  97.1  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  29.89 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  32.95 
 
 
380 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  28.17 
 
 
419 aa  93.2  7e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  28.25 
 
 
406 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  29.48 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  28.12 
 
 
393 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  27.54 
 
 
355 aa  89.7  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  27.38 
 
 
425 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.6 
 
 
368 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  28.19 
 
 
393 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  26.93 
 
 
423 aa  82  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  27.93 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  26.38 
 
 
417 aa  81.3  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  25.8 
 
 
406 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  28.39 
 
 
393 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  26.32 
 
 
411 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  27.11 
 
 
401 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  24.15 
 
 
388 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  27.12 
 
 
414 aa  79.3  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  27.64 
 
 
421 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  24.8 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  28.73 
 
 
364 aa  77.4  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  25.16 
 
 
422 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  26.6 
 
 
427 aa  77.4  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  26.34 
 
 
404 aa  76.6  0.0000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  26.37 
 
 
426 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  25.41 
 
 
425 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.84 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>