167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0329 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  100 
 
 
372 aa  737    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  58.36 
 
 
392 aa  389  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  54.14 
 
 
396 aa  388  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  56.43 
 
 
400 aa  384  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  58.09 
 
 
393 aa  360  2e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  57.56 
 
 
393 aa  360  2e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  52.97 
 
 
371 aa  334  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  46.36 
 
 
373 aa  324  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  47.21 
 
 
372 aa  323  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  50.13 
 
 
382 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  43.99 
 
 
387 aa  290  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  46.79 
 
 
380 aa  290  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40.85 
 
 
383 aa  289  6e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  41.01 
 
 
384 aa  287  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  45.33 
 
 
387 aa  287  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  42.42 
 
 
382 aa  283  5.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.91 
 
 
387 aa  281  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  42.4 
 
 
387 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  42.9 
 
 
387 aa  277  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  42.35 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  43.88 
 
 
392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  39.89 
 
 
381 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  38.67 
 
 
383 aa  209  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  38.63 
 
 
381 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  37.47 
 
 
383 aa  194  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  39.23 
 
 
381 aa  189  9e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  30.25 
 
 
376 aa  186  5e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.02 
 
 
376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  33.61 
 
 
349 aa  169  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  28.45 
 
 
362 aa  169  7e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  33.06 
 
 
349 aa  164  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  34.16 
 
 
359 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  31.62 
 
 
371 aa  159  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.75 
 
 
372 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  31.17 
 
 
352 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.37 
 
 
366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  32.17 
 
 
366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  31.61 
 
 
354 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  32.19 
 
 
351 aa  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  35.23 
 
 
360 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  33.78 
 
 
356 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  35.04 
 
 
360 aa  139  6e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  33.42 
 
 
386 aa  139  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.97 
 
 
386 aa  139  8.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  34.69 
 
 
360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  29.52 
 
 
366 aa  136  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.61 
 
 
355 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.61 
 
 
355 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  31.37 
 
 
368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 
360 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  29.58 
 
 
374 aa  123  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  31.49 
 
 
396 aa  117  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  29.13 
 
 
370 aa  115  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  28.65 
 
 
375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  31.22 
 
 
371 aa  113  6e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  32.2 
 
 
416 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  32.2 
 
 
416 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  32.78 
 
 
425 aa  103  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  32.38 
 
 
359 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  29.3 
 
 
368 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  33.77 
 
 
416 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.16 
 
 
371 aa  99.4  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.25 
 
 
394 aa  98.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  30.59 
 
 
421 aa  95.9  9e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  30.59 
 
 
421 aa  95.9  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  30.59 
 
 
421 aa  95.9  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  30.59 
 
 
421 aa  95.9  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  30.13 
 
 
426 aa  93.6  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  35.5 
 
 
384 aa  93.6  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  27.3 
 
 
417 aa  93.2  7e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  30.42 
 
 
426 aa  92.8  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  40.74 
 
 
359 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.25 
 
 
426 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  30.1 
 
 
426 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  33 
 
 
421 aa  90.5  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  29.53 
 
 
375 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  30.1 
 
 
426 aa  89.7  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  29.51 
 
 
378 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  27.3 
 
 
425 aa  89.7  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  28.12 
 
 
426 aa  88.6  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  28.21 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  28.43 
 
 
426 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.43 
 
 
426 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.43 
 
 
426 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  30.62 
 
 
429 aa  88.6  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  29.83 
 
 
379 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  29.39 
 
 
376 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  26.47 
 
 
425 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  33.56 
 
 
380 aa  86.7  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  27.92 
 
 
378 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.56 
 
 
426 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.89 
 
 
376 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  25.33 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  30.89 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  28.5 
 
 
393 aa  85.1  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  26.07 
 
 
425 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  26.72 
 
 
425 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  26.72 
 
 
425 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.56 
 
 
426 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.42 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>