158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2252 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  94.17 
 
 
360 aa  635    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  100 
 
 
360 aa  722    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  83.89 
 
 
359 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  64.15 
 
 
359 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  63.74 
 
 
359 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  50.42 
 
 
355 aa  347  3e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  50.42 
 
 
355 aa  347  3e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  52.15 
 
 
349 aa  345  5e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  52.44 
 
 
349 aa  344  1e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  49.44 
 
 
354 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  51.86 
 
 
352 aa  333  3e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  49.29 
 
 
351 aa  324  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  49.43 
 
 
366 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  50 
 
 
366 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  49.57 
 
 
366 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  51.84 
 
 
356 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  43.67 
 
 
372 aa  216  7e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  41.92 
 
 
360 aa  207  2e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  38.84 
 
 
371 aa  206  4e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  34.97 
 
 
368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  35.01 
 
 
386 aa  195  8.000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.16 
 
 
371 aa  189  9e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  37.99 
 
 
360 aa  187  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  35.2 
 
 
396 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  36.19 
 
 
371 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  32.69 
 
 
380 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.21 
 
 
362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  32.15 
 
 
373 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  34.88 
 
 
381 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  34.14 
 
 
383 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  32.9 
 
 
383 aa  159  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  34.95 
 
 
372 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  31.79 
 
 
388 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.54 
 
 
387 aa  157  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
386 aa  153  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  30.96 
 
 
372 aa  153  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  36.34 
 
 
382 aa  153  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  31.1 
 
 
387 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.06 
 
 
387 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  29.87 
 
 
384 aa  145  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  31 
 
 
387 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  30.38 
 
 
382 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.33 
 
 
383 aa  143  5e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.25 
 
 
387 aa  142  6e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  32.07 
 
 
392 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  32.78 
 
 
381 aa  137  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  36.07 
 
 
381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  32.18 
 
 
379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  32.96 
 
 
380 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  30.16 
 
 
376 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  32.28 
 
 
393 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  29.03 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  30.88 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.2 
 
 
375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  31.14 
 
 
393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  30.92 
 
 
376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  28.99 
 
 
376 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  27.32 
 
 
374 aa  118  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  31.92 
 
 
376 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  32.29 
 
 
380 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  29.14 
 
 
382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  30.11 
 
 
378 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  24.26 
 
 
376 aa  112  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  30.09 
 
 
355 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.82 
 
 
394 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 
393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  28.61 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  25.28 
 
 
375 aa  109  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.53 
 
 
376 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  29.4 
 
 
380 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
393 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.33 
 
 
379 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  31.02 
 
 
392 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.76 
 
 
370 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  31.03 
 
 
384 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  29.35 
 
 
400 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  30.99 
 
 
359 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.61 
 
 
371 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  32.78 
 
 
393 aa  99.8  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.74 
 
 
383 aa  97.8  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  27.4 
 
 
393 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  29.43 
 
 
371 aa  94.4  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  39.84 
 
 
133 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  26.93 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  27.51 
 
 
419 aa  85.5  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  27.51 
 
 
380 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  25.92 
 
 
413 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  25.41 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  24.37 
 
 
414 aa  83.6  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  27.37 
 
 
437 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  29.09 
 
 
427 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  27.86 
 
 
399 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  27.68 
 
 
417 aa  80.9  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  26.34 
 
 
444 aa  79.7  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.76 
 
 
368 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.87 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  25.28 
 
 
416 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  25.28 
 
 
416 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  23.48 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  28.07 
 
 
409 aa  73.2  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>