167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0463 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  100 
 
 		 356 aa  703    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  63.2 
 
 		 351 aa  438  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  63.2 
 
 		 352 aa  428  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  53.98 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  52.14 
 
 		 355 aa  337  9.999999999999999e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  52.14 
 
 		 355 aa  337  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  50 
 
 		 359 aa  318  7e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  49.86 
 
 		 349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  49.86 
 
 		 349 aa  302  5.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  45.7 
 
 		 366 aa  298  8e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  47.89 
 
 		 366 aa  298  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  47.89 
 
 		 366 aa  296  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  51.84 
 
 		 360 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  51.27 
 
 		 360 aa  292  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  49.86 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  49.57 
 
 		 359 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  40.69 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.06 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  35.42 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  36.19 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  36.07 
 
 		 386 aa  176  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  38.08 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  34.77 
 
 		 387 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  32 
 
 		 383 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  31.73 
 
 		 384 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  32.97 
 
 		 371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.38 
 
 		 396 aa  155  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.78 
 
 		 362 aa  155  9e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 		 380 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  32.53 
 
 		 387 aa  153  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  32.44 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  34.13 
 
 		 387 aa  150  4e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  36.1 
 
 		 380 aa  150  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  31.54 
 
 		 368 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  32.17 
 
 		 388 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  32.17 
 
 		 383 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  33.78 
 
 		 392 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.64 
 
 		 387 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  34.49 
 
 		 372 aa  144  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  35.68 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  30.19 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  34.05 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  32.7 
 
 		 381 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  33.07 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  33.7 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  34.79 
 
 		 392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  32.7 
 
 		 381 aa  126  7e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.67 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  35.31 
 
 		 381 aa  123  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  32.51 
 
 		 400 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  36.44 
 
 		 393 aa  116  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  36.44 
 
 		 393 aa  116  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  29.81 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  30.94 
 
 		 376 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  30.83 
 
 		 376 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  26.77 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.2 
 
 		 375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  32.58 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  28.46 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  30.64 
 
 		 376 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  27.44 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  29.55 
 
 		 378 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30.31 
 
 		 380 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  29.62 
 
 		 378 aa  107  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  31.16 
 
 		 393 aa  104  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  29.81 
 
 		 379 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  31.07 
 
 		 376 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.43 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  31.46 
 
 		 384 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.49 
 
 		 379 aa  95.5  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  31.68 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  29.18 
 
 		 432 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  32.26 
 
 		 359 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.66 
 
 		 394 aa  89.7  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  30.73 
 
 		 364 aa  89.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  27.95 
 
 		 382 aa  89  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  29.79 
 
 		 355 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  28.61 
 
 		 416 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  28.8 
 
 		 409 aa  83.2  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  27.47 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  28.61 
 
 		 416 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  28.61 
 
 		 416 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  30.14 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  28.04 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  25.39 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  26.12 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.95 
 
 		 371 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  26.85 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  29.35 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  26.51 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  30.03 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  24.66 
 
 		 370 aa  73.6  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  30.13 
 
 		 427 aa  73.6  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  27.63 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  23.91 
 
 		 374 aa  72  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  27.81 
 
 		 399 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  30.39 
 
 		 417 aa  71.6  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  26.81 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  28.11 
 
 		 426 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  29.07 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>