148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0513 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  100 
 
 
396 aa  808    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  76.26 
 
 
400 aa  589  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  61.62 
 
 
392 aa  462  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  60 
 
 
393 aa  437  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  59.75 
 
 
393 aa  432  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  53.42 
 
 
372 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  44.84 
 
 
373 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  43.44 
 
 
387 aa  294  2e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  42.63 
 
 
382 aa  293  4e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  45.57 
 
 
371 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  42.07 
 
 
372 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  43.07 
 
 
387 aa  289  7e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40.9 
 
 
383 aa  287  2e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  40.4 
 
 
384 aa  285  9e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  40.44 
 
 
388 aa  282  7.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.62 
 
 
387 aa  276  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  40.2 
 
 
387 aa  276  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40.62 
 
 
387 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  41.39 
 
 
392 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  43.64 
 
 
382 aa  259  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  41.1 
 
 
380 aa  255  8e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  40.68 
 
 
381 aa  228  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  37.34 
 
 
383 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  37.93 
 
 
381 aa  205  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  34.7 
 
 
383 aa  194  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  33.08 
 
 
362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  37.99 
 
 
381 aa  181  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  31.52 
 
 
376 aa  177  4e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.94 
 
 
376 aa  173  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  33.42 
 
 
349 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.3 
 
 
349 aa  159  7e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  31.51 
 
 
371 aa  156  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  33.68 
 
 
372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  30.93 
 
 
366 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.47 
 
 
354 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.67 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  29.64 
 
 
366 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  31.17 
 
 
352 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  30.89 
 
 
359 aa  126  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  29.06 
 
 
386 aa  125  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  30.91 
 
 
355 aa  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  30.91 
 
 
355 aa  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.87 
 
 
368 aa  124  3e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  29.86 
 
 
360 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  28.47 
 
 
386 aa  113  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  28.26 
 
 
360 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  27.97 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  29.97 
 
 
360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  30.21 
 
 
374 aa  108  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  29.81 
 
 
356 aa  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  28.01 
 
 
371 aa  106  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  30.51 
 
 
351 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  28.21 
 
 
368 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  26.26 
 
 
370 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  29.49 
 
 
360 aa  99.4  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  32.2 
 
 
359 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  30.75 
 
 
359 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  28.93 
 
 
406 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  28.07 
 
 
371 aa  90.5  5e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  27.11 
 
 
423 aa  88.6  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  29.41 
 
 
396 aa  86.7  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  30.47 
 
 
384 aa  86.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.61 
 
 
394 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 
429 aa  85.5  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  27.17 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  34.03 
 
 
436 aa  85.1  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  27.03 
 
 
380 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  25.78 
 
 
426 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.78 
 
 
426 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.78 
 
 
426 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  27.7 
 
 
376 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  24.93 
 
 
371 aa  82.8  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  25.56 
 
 
419 aa  81.3  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  24.44 
 
 
425 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  28.41 
 
 
444 aa  80.9  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  23.66 
 
 
417 aa  80.5  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  24.31 
 
 
426 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  29.13 
 
 
379 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  26.88 
 
 
409 aa  79.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  24.94 
 
 
419 aa  78.2  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  26.51 
 
 
432 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.84 
 
 
426 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  26.01 
 
 
379 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  24.04 
 
 
425 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.78 
 
 
426 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  24.17 
 
 
425 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.53 
 
 
426 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  27.78 
 
 
401 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  26.71 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  27.47 
 
 
413 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  27.32 
 
 
376 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  25.55 
 
 
379 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  28.3 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  26.88 
 
 
444 aa  73.9  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  26.74 
 
 
404 aa  73.9  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  25.86 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  26.72 
 
 
376 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  27.91 
 
 
437 aa  73.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  27.94 
 
 
393 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  28.35 
 
 
432 aa  72.8  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>