188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3310 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  79.33 
 
 
387 aa  642    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  84.24 
 
 
387 aa  681    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  81.65 
 
 
387 aa  667    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  100 
 
 
388 aa  795    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  82.43 
 
 
387 aa  664    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  82.22 
 
 
392 aa  652    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  78.55 
 
 
387 aa  640    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  78.84 
 
 
383 aa  632  1e-180  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  78.68 
 
 
384 aa  634  1e-180  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  74.6 
 
 
382 aa  590  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  62.7 
 
 
373 aa  484  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  46.49 
 
 
372 aa  335  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  47.01 
 
 
371 aa  315  8e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  40.44 
 
 
396 aa  282  7.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  43.78 
 
 
382 aa  277  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  42.13 
 
 
380 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  42.35 
 
 
372 aa  266  5e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  39.89 
 
 
383 aa  260  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  39.9 
 
 
400 aa  257  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  43.85 
 
 
393 aa  256  4e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  42.51 
 
 
392 aa  255  8e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  43.32 
 
 
393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  36.36 
 
 
381 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  38.15 
 
 
381 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  38.04 
 
 
381 aa  216  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  35.25 
 
 
383 aa  203  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  33.7 
 
 
362 aa  202  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.79 
 
 
371 aa  199  9e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  35.07 
 
 
349 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  31.9 
 
 
376 aa  191  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  34.51 
 
 
349 aa  190  5e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.9 
 
 
376 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  34.97 
 
 
354 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  33.79 
 
 
352 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  32.42 
 
 
359 aa  166  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  33.25 
 
 
366 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  32.29 
 
 
366 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.64 
 
 
366 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.32 
 
 
355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.32 
 
 
355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  31 
 
 
351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  32.17 
 
 
356 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  32.88 
 
 
360 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  31.58 
 
 
386 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  32.45 
 
 
372 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31.79 
 
 
360 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  32.5 
 
 
386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.04 
 
 
368 aa  123  6e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  32.16 
 
 
360 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  32.14 
 
 
359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 
374 aa  119  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30 
 
 
380 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  30.71 
 
 
360 aa  117  5e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  32.1 
 
 
359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  26.81 
 
 
370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  27.13 
 
 
406 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.02 
 
 
396 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  29.63 
 
 
371 aa  107  4e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  26.4 
 
 
378 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  28.34 
 
 
382 aa  103  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  26.81 
 
 
399 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  27.63 
 
 
417 aa  100  6e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  27.48 
 
 
421 aa  100  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  26.74 
 
 
379 aa  99  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  23.51 
 
 
371 aa  99.4  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  27.6 
 
 
447 aa  97.8  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  27.67 
 
 
393 aa  97.4  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  27.07 
 
 
416 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  27.07 
 
 
416 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  25 
 
 
378 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  26.07 
 
 
413 aa  96.3  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  26.98 
 
 
380 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25.8 
 
 
375 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  28.13 
 
 
416 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  27.12 
 
 
411 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  24.52 
 
 
375 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  27.37 
 
 
376 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  25.42 
 
 
379 aa  93.2  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  25.27 
 
 
401 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  26.77 
 
 
393 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.98 
 
 
376 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.15 
 
 
368 aa  92.4  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.48 
 
 
394 aa  91.7  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 
364 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  28.79 
 
 
383 aa  92  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  26.77 
 
 
376 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  27.54 
 
 
369 aa  90.9  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  25.91 
 
 
376 aa  90.5  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  24.73 
 
 
371 aa  90.5  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  26.05 
 
 
425 aa  90.1  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  26.37 
 
 
393 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  26.8 
 
 
419 aa  89.4  9e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  27.58 
 
 
384 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  28.48 
 
 
437 aa  88.6  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  27.76 
 
 
379 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  27.19 
 
 
444 aa  87.4  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  27.36 
 
 
427 aa  85.9  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  23.97 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  26.27 
 
 
432 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  25.95 
 
 
418 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>