136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2509 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  91.02 
 
 
411 aa  758    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  100 
 
 
401 aa  823    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  77.56 
 
 
406 aa  651    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  54.52 
 
 
404 aa  420  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  49.49 
 
 
425 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  52.42 
 
 
426 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  51.79 
 
 
426 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  52.42 
 
 
426 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  51.15 
 
 
426 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  51.53 
 
 
426 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  51.53 
 
 
426 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  51.91 
 
 
426 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  51.65 
 
 
426 aa  385  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  50.89 
 
 
426 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  49.87 
 
 
425 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  49.87 
 
 
425 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  50.13 
 
 
425 aa  381  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  50.63 
 
 
426 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  48.72 
 
 
425 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  50.89 
 
 
426 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  48.98 
 
 
425 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  50.13 
 
 
421 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  50.13 
 
 
421 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  50.13 
 
 
421 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  50.13 
 
 
421 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  49.49 
 
 
422 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  50 
 
 
424 aa  364  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  44.78 
 
 
413 aa  347  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  47.98 
 
 
423 aa  336  5e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  44.05 
 
 
406 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  39.75 
 
 
432 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  42.27 
 
 
417 aa  266  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  41.21 
 
 
427 aa  262  8.999999999999999e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  39.36 
 
 
432 aa  261  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  41.19 
 
 
444 aa  259  6e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  37.5 
 
 
423 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  40.85 
 
 
437 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  40.41 
 
 
429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  38.36 
 
 
419 aa  241  2e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  40.26 
 
 
418 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  46.79 
 
 
259 aa  237  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  39.69 
 
 
425 aa  235  8e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.07 
 
 
425 aa  230  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  38.08 
 
 
421 aa  229  5e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  39.37 
 
 
369 aa  227  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  39.22 
 
 
409 aa  227  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  36.5 
 
 
423 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  38.77 
 
 
405 aa  224  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  39.28 
 
 
416 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  39.28 
 
 
416 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  39.28 
 
 
416 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  37.8 
 
 
379 aa  210  3e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  34.52 
 
 
417 aa  206  4e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  38.18 
 
 
436 aa  205  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  36.82 
 
 
444 aa  201  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  35.76 
 
 
457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  34.75 
 
 
447 aa  183  5.0000000000000004e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  35.75 
 
 
399 aa  179  5.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  35.7 
 
 
414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  33.92 
 
 
436 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  45.28 
 
 
148 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.57 
 
 
396 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  31.13 
 
 
383 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  25.39 
 
 
380 aa  99.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.25 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25.27 
 
 
388 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  33.74 
 
 
381 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  20.69 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  25.73 
 
 
387 aa  84.3  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  24.8 
 
 
372 aa  84  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.65 
 
 
387 aa  83.2  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  26.2 
 
 
387 aa  80.5  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.81 
 
 
372 aa  79.7  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  23.68 
 
 
382 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.93 
 
 
387 aa  78.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  25.57 
 
 
366 aa  79  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  24.46 
 
 
378 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  25.87 
 
 
373 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.44 
 
 
383 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  24.53 
 
 
384 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  27.78 
 
 
396 aa  76.3  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  25.49 
 
 
366 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25.82 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  23.82 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  25.49 
 
 
366 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.8 
 
 
387 aa  73.9  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  25.2 
 
 
376 aa  73.6  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.9 
 
 
376 aa  72  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  25 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  24 
 
 
371 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  29.74 
 
 
381 aa  70.9  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  24.72 
 
 
351 aa  70.1  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  28.89 
 
 
400 aa  70.1  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  24.18 
 
 
376 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  24.92 
 
 
349 aa  69.3  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  22.95 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  22.95 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  22.25 
 
 
375 aa  67.8  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  23.56 
 
 
376 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  27.38 
 
 
379 aa  67  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>