164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3403 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 383 aa  782    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  48.39 
 
 		 381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  46.43 
 
 		 381 aa  298  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  43.73 
 
 		 383 aa  286  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  45.68 
 
 		 381 aa  260  3e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  40.22 
 
 		 376 aa  250  3e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  38.54 
 
 		 376 aa  242  7e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  39.5 
 
 		 371 aa  229  9e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  37.1 
 
 		 372 aa  226  5.0000000000000005e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  38.21 
 
 		 380 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  37.2 
 
 		 373 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  35.91 
 
 		 382 aa  216  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  34.36 
 
 		 384 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  41.21 
 
 		 382 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  34.25 
 
 		 383 aa  209  7e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  35.25 
 
 		 388 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.75 
 
 		 387 aa  207  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  35.41 
 
 		 387 aa  203  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  34.7 
 
 		 396 aa  203  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.33 
 
 		 387 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  34.05 
 
 		 387 aa  200  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  34.15 
 
 		 387 aa  199  6e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  37.47 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  34.88 
 
 		 392 aa  196  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  38.52 
 
 		 393 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  36.02 
 
 		 392 aa  189  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  38.83 
 
 		 393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  34.53 
 
 		 400 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  31.22 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  32.71 
 
 		 349 aa  156  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  28.61 
 
 		 371 aa  153  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  32.72 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  31.98 
 
 		 349 aa  149  8e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.68 
 
 		 366 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  31.44 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.79 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  34.23 
 
 		 372 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  32.56 
 
 		 360 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31.77 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  33.86 
 
 		 356 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  31.25 
 
 		 366 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  29.18 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  29.18 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.53 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  28.42 
 
 		 351 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  33.51 
 
 		 359 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  30.21 
 
 		 352 aa  123  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  30.77 
 
 		 374 aa  123  7e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  30 
 
 		 386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  36.75 
 
 		 359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  29.4 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  26.7 
 
 		 368 aa  116  6.9999999999999995e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  31.91 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  29.23 
 
 		 370 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  32.1 
 
 		 360 aa  110  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  29.2 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  29.01 
 
 		 371 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.8 
 
 		 371 aa  106  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  28.64 
 
 		 371 aa  104  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  29.32 
 
 		 368 aa  103  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.54 
 
 		 380 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  27.39 
 
 		 376 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  29.79 
 
 		 447 aa  85.5  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  28.16 
 
 		 378 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  32.49 
 
 		 393 aa  84.3  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  30.74 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  31.82 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  30.99 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  31.4 
 
 		 376 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  29.1 
 
 		 376 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  25.98 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  23.01 
 
 		 394 aa  76.6  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  26.59 
 
 		 406 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  32.23 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  26.8 
 
 		 378 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  26.86 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  32.86 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  28.27 
 
 		 379 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  29.81 
 
 		 444 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  26.27 
 
 		 364 aa  72  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  27.63 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  31.71 
 
 		 404 aa  70.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  25.32 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  30.35 
 
 		 379 aa  70.9  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  32.32 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  29.67 
 
 		 384 aa  69.7  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  28.07 
 
 		 436 aa  68.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  31.58 
 
 		 426 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  26.67 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  27.3 
 
 		 393 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  26.73 
 
 		 359 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2954  alanine racemase domain protein  29.01 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  26.69 
 
 		 417 aa  66.2  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  28.24 
 
 		 422 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  25.88 
 
 		 393 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  29.41 
 
 		 426 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.41 
 
 		 426 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  27.68 
 
 		 429 aa  65.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  34.32 
 
 		 409 aa  65.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.41 
 
 		 426 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>