133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4022 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  100 
 
 		 422 aa  858    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  84.87 
 
 		 423 aa  715    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  68.94 
 
 		 425 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  68.94 
 
 		 425 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  69.18 
 
 		 425 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  66.35 
 
 		 425 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  67.61 
 
 		 426 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  67.14 
 
 		 426 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  67.14 
 
 		 426 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  67.84 
 
 		 426 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  66.12 
 
 		 425 aa  580  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  67.61 
 
 		 426 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  67.14 
 
 		 426 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  67.14 
 
 		 426 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  64 
 
 		 425 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  64.79 
 
 		 426 aa  559  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  64.32 
 
 		 426 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  64.32 
 
 		 426 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  64.55 
 
 		 426 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  63.86 
 
 		 424 aa  553  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  63.85 
 
 		 421 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  63.85 
 
 		 421 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  63.85 
 
 		 421 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  63.85 
 
 		 421 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  49.49 
 
 		 401 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  49.12 
 
 		 406 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  48.37 
 
 		 411 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  47.81 
 
 		 404 aa  344  2e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  44.03 
 
 		 413 aa  343  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  44.47 
 
 		 406 aa  317  3e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  41.3 
 
 		 444 aa  293  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  42.02 
 
 		 427 aa  289  8e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  39.7 
 
 		 432 aa  282  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  41.13 
 
 		 437 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  38.05 
 
 		 432 aa  278  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  36.41 
 
 		 423 aa  256  6e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  41.51 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  39.85 
 
 		 425 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  39.29 
 
 		 417 aa  236  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  37.56 
 
 		 425 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  41.69 
 
 		 429 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  39.02 
 
 		 416 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  39.02 
 
 		 416 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  39.28 
 
 		 416 aa  226  7e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  36.87 
 
 		 418 aa  224  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  38.35 
 
 		 369 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  45.69 
 
 		 259 aa  219  7e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  38.34 
 
 		 409 aa  217  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  34.48 
 
 		 423 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  34.84 
 
 		 457 aa  205  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  37.9 
 
 		 444 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  36.48 
 
 		 419 aa  204  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  38.46 
 
 		 399 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  37.63 
 
 		 379 aa  191  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  36.39 
 
 		 405 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  34.49 
 
 		 417 aa  188  2e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  34.48 
 
 		 447 aa  187  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  36.03 
 
 		 436 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  34.87 
 
 		 414 aa  161  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  34.21 
 
 		 436 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  47.66 
 
 		 148 aa  126  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  29.37 
 
 		 396 aa  99.4  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.1 
 
 		 380 aa  82.8  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  26.82 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  24.74 
 
 		 368 aa  80.9  0.00000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.04 
 
 		 373 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  31.61 
 
 		 376 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  23.65 
 
 		 362 aa  79.3  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  27.57 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  31.03 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.37 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.06 
 
 		 376 aa  76.3  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  24.59 
 
 		 372 aa  76.3  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  26 
 
 		 355 aa  75.5  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  27.27 
 
 		 381 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  26 
 
 		 355 aa  75.5  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.01 
 
 		 371 aa  73.6  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  25 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  27.46 
 
 		 352 aa  70.1  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  30.22 
 
 		 376 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  24.8 
 
 		 359 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  25 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  28.4 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  21.96 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  25.75 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  30 
 
 		 376 aa  67  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  29.45 
 
 		 359 aa  67  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  29.79 
 
 		 379 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.08 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  28.24 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  25.33 
 
 		 366 aa  66.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  27.66 
 
 		 378 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  29.08 
 
 		 378 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  31 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.36 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  24.12 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.67 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  24.11 
 
 		 372 aa  63.5  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  22.65 
 
 		 382 aa  62.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  21.97 
 
 		 388 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>